CroPCS: Base de conocimientos sobre el estrés combinado de los cultivos

Área de la Ciencia:

• Ciencias de las plantas
• La bioinformática
• La genómica

Sus antecedentes:

• Las plantas se enfrentan a tensiones bióticas y abióticas combinadas, exacerbadas por el cambio climático.
• Los datos existentes de OMICS sobre las respuestas de las plantas al estrés son fragmentados e inaccesibles.
• Hay una necesidad crítica de repositorios de datos integrados y de acceso público.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una base de conocimientos curada manualmente (CroPCS) para las respuestas de las plantas de cultivo a las tensiones combinadas.
• Proporcionar una plataforma fácil de usar para acceder y consultar datos moleculares.
• Facilitar la investigación sobre la adaptación de las plantas a los desafíos ambientales.

Principales métodos:

• Biocuración manual de la literatura OMICS.
• Integración de datos sobre genes, proteínas, metabolitos y ARN no codificantes.
• Desarrollo de un repositorio en línea de búsqueda con una interfaz fácil de usar.

Principales resultados:

• La versión 1 de CroPCS incluye 13 plantas de cultivo y 16 combinaciones de estrés.
• La base de datos contiene 266,417 moléculas: 262,220 genes, 1709 proteínas, 274 metabolitos y 2214 ncRNA.
• El recurso admite la curaduría de la comunidad, permitiendo la presentación de datos de los usuarios.

Conclusiones:

• CroPCS es un recurso en línea único e integral para la investigación del estrés de las plantas.
• Mejora la accesibilidad de datos moleculares críticos para la mejora de cultivos.
• La base de conocimientos apoya la investigación sobre la resiliencia de las plantas bajo tensiones ambientales combinadas.