NMOD: Una base de datos multidimensional para la investigación de la resistencia a las enfermedades en Nicotiana

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Ciencias de las plantas
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La secuenciación de alto rendimiento genera vastos datos ómicos para las especies de Nicotiana.
• Las bases de datos actuales tienen datos fragmentados, lo que limita la integración entre especies para el descubrimiento de genes de resistencia a enfermedades.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una base de datos completa para la integración y el análisis de datos omicos multidimensionales en Nicotiana.
• Facilitar la identificación de genes resistentes a las enfermedades y apoyar la innovación en el germoplasma.

Principales métodos:

• Integración sistemática de los datos del genoma completo (23 variedades), los conjuntos de datos del transcriptoma (168), los sitios de variación (777 millones) y los datos fenotípicos (146 adhesiones).
• Anotación de 29 familias de genes resistentes a las enfermedades en 10 variedades.
• Análisis diferencial de la expresión y integración de las herramientas de bioinformática (JBrowse, BLAST).

Principales resultados:

• La base de datos multidimensional de tóxicos del tabaco (NMOD, por sus siglas en inglés) de Nicotiana proporciona una plataforma unificada para los datos tóxicos del tabaco.
• Anotación detallada de los genes de resistencia a las enfermedades y análisis de las respuestas transcriptómicas a los tratamientos de las enfermedades.

Conclusiones:

• NMOD ofrece una amplia visión de la genómica y la genética del tabaco.
• Se espera que la base de datos mejore la investigación sobre los mecanismos de resistencia a las enfermedades y el mejoramiento molecular en el tabaco.