Las alteraciones genómicas del cáncer y las características microambientales codifican interacciones sinérgicas con...

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• Inmunología
• La genómica

Sus antecedentes:

• La progresión del cáncer está influenciada por las alteraciones genómicas somáticas y el microambiente inmune del tumor (TME).
• No se comprende completamente la interacción entre los factores genómicos y las características de la EMT en la configuración de la evolución del tumor y los resultados clínicos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un marco para la integración de datos multiómicos para identificar las interacciones entre los factores cancerígenos y las características de EMT asociadas con los resultados clínicos.
• Descubrir nuevas interacciones inmunogenómicas (IGX) con potencial pronóstico.

Principales métodos:

• Desarrolló el marco de análisis multi-ómico PACIFIC.
• Se han integrado sistemáticamente los factores genéticos del cáncer y los perfiles de infiltración de células inmunes.
• Analizaron 8500 muestras de tumores primarios en 26 tipos de cáncer.

Principales resultados:

• Se identificaron 34 IGX en 13 tipos de cáncer, relacionando las alteraciones genómicas específicas y los niveles de células inmunes con la supervivencia del paciente.
• Se encontró que las IGX pueden definir subconjuntos tumorales con inmunogenicidad distinta y expresión génica objetivo de inmunoterapia.
• Se observó un IGX en el cáncer de mama luminal-A (deleción de MEN1 y niveles bajos de neutrófilos) asociado con una menor supervivencia libre de progresión.

Conclusiones:

• El marco PACIFIC integra efectivamente los datos clínicos y multiómicos para identificar los IGX clínicamente relevantes.
• Descubrió IGX pronósticos que ofrecen hipótesis para estudios mecanicistas, desarrollo de biomarcadores y orientación terapéutica.
• Los patrones de co-ocurrencia de los impulsores del cáncer y las características de la EMT revelan interacciones sinérgicas con valor pronóstico.