MRMAssayDB: un recurso integrado completo para ensayos proteómicos dirigidos

Área de la Ciencia:

• Proteomía
• La bioinformática
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• La proteómica cuantitativa dirigida, utilizando métodos como el Monitoreo de Reacciones Múltiples (MRM) y el Monitoreo de Reacciones Paralelas (PRM), es crucial para la medición precisa de proteínas.
• El desarrollo y la validación de ensayos para la proteómica dirigida requiere mucho tiempo, a pesar de los repositorios de datos existentes.
• MRMAssayDB integra datos seleccionados de ensayos proteómicos dirigidos de múltiples fuentes.

Objetivo del estudio:

• Crear una plataforma completa e integrada para los datos de ensayos proteómicos específicos.
• Mejorar la accesibilidad y usabilidad de los péptidos proteotípicos validados y los datos de transición.
• Facilitar la selección eficiente de ensayos y el desarrollo de paneles cuantitativos para los investigadores.

Principales métodos:

• La plataforma MRMAssayDB agrega y anota los datos de ensayos proteómicos específicos.
• El último lanzamiento (2021) incluye más de 1,1 millones de ensayos para 939,000 péptidos, que cubren 61,000 proteínas en 146 organismos.
• Un nuevo módulo de visualización asigna los ensayos de péptidos a las estructuras de proteínas 3D predichas por Alphafold y a las estructuras del Banco de Datos de Proteínas (PDB).

Principales resultados:

• MRMAssayDB proporciona acceso a más de 1,1 millones de ensayos proteómicos dirigidos.
• La base de datos enlaza las proteínas con 19.000 términos de ontología genética y 4.000 vías biológicas.
• Las herramientas de visualización integradas permiten el examen de las ubicaciones, modificaciones y mutaciones de los péptidos en las estructuras de proteínas en 3D.

Conclusiones:

• El MRMAssayDB mejora significativamente el acceso a ensayos proteómicos dirigidos validados.
• La plataforma simplifica el proceso de selección de ensayos y la creación de paneles cuantitativos.
• Este recurso apoya a los investigadores en el avance de los estudios cuantitativos de proteómica.