La secuenciación de próxima generación como panacea para las pruebas de susceptibilidad a los antibióticos: ¿sí o no?

Área de la Ciencia:

• Microbiología clínica
• La genómica
• Enfermedades infecciosas

Sus antecedentes:

• Las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) se adoptan cada vez más en los laboratorios de microbiología clínica.
• La secuenciación del genoma completo (WGS) permite la identificación de especies, la cuantificación y el rastreo de cepas microbianas.
• El WGS facilita la detección de genes de virulencia y resistencia a los antimicrobianos (AMR), lo que permite el AST genómico (gAST).

Objetivo del estudio:

• Evaluar el estado actual de NGS y GAST en microbiología clínica.
• Evaluar el valor añadido del gAST en comparación con las metodologías tradicionales de prueba de susceptibilidad antimicrobiana (AST).
• Discutir los requisitos para la implementación clínica de gAST.

Principales métodos:

• Revisión de las aplicaciones actuales de NGS y gAST en microbiología clínica.
• Evaluación de los desafíos técnicos, de gestión de datos, de costes y reglamentarios para el GAST.
• Comparación de gAST con métodos AST fenotípicos establecidos.

Principales resultados:

• La implementación completa del diagnóstico gAST actualmente no es factible en los laboratorios de rutina.
• Se necesitan mejoras significativas en cuanto a complejidad técnica, gestión de datos, puntualidad y rentabilidad.
• gAST requiere actualmente una combinación con una AST fenotípica rápida para uso rutinario.

Conclusiones:

• gAST es prometedor, pero se enfrenta a obstáculos sustanciales para su adopción clínica generalizada.
• La aprobación reglamentaria (IVDR, FDA) y el reembolso son fundamentales para el acceso al mercado.
• Se necesita un mayor desarrollo para mejorar el rendimiento, definir el valor clínico y racionalizar la adopción.