Descifrar la heterogeneidad celular y la dinámica de las vías en muestras urinarias: un enfoque basado en UMAP para...

Área de la Ciencia:

• Nefrología
• La genómica
• Inmunología

Sus antecedentes:

• La lesión renal aguda (IRA) es una condición crítica con un rápido deterioro de la función renal y resultados clínicos graves.
• La comprensión de la diversidad celular en la orina durante AKI ofrece información sobre los mecanismos de la enfermedad y las estrategias terapéuticas.

Objetivo del estudio:

• Investigar la composición celular y la expresión génica en la orina de AKI utilizando la Aproximación y Proyección Manifold Uniforme (UMAP).
• Identificar las interacciones celulares y las activaciones de las vías relacionadas con la fisiopatología de AKI.

Principales métodos:

• Análisis del conjunto de datos público GSE180595 de la base de datos de expresión génica omnibus (GEO).
• Secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) de las células mononucleares urinarias de pacientes con IAC y no IAC.
• Análisis diferencial de la expresión génica centrado en las vías relacionadas con la ECM y la cuantificación de MAPK1.

Principales resultados:

• UMAP reveló composiciones celulares distintas en las muestras de AKI frente a las no AKI, con un aumento de las células inmunes como los monocitos en AKI.
• El análisis de la vía mostró una mayor replicación del ADN y la activación de genes relacionados con la ECM en las células AKI, lo que sugiere roles en la lesión y la remodelación.
• Las vías relacionadas con la ECM se enriquecieron significativamente en AKI, con MAPK1 identificado como un gen regulador clave.

Conclusiones:

• MAPK1 está regulado al alza en las células mononucleares urinarias de pacientes con IAC y regula las vías relacionadas con la ECM.
• MAPK1 muestra potencial como un biomarcador diagnóstico / pronóstico de AKI y un objetivo terapéutico para la remodelación de ECM y la fibrosis.
• Se requiere más investigación para explorar la utilidad clínica de la orientación de MAPK1 en el tratamiento de AKI.