DgeaHeatmap: un paquete R para el análisis transcriptómico y la generación de mapas de calor

Área de la Ciencia:

• La genómica y la bioinformática
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• El análisis de datos transcriptómicos, especialmente de Nanostring GeoMx DSP, requiere herramientas accesibles y flexibles.
• Las herramientas basadas en la web existentes a menudo carecen de transparencia, personalización y seguridad de los datos debido a la dependencia del servidor.
• Hay necesidad de herramientas bioinformáticas fáciles de usar para investigadores con diferentes niveles de experiencia.

Objetivo del estudio:

• Introducir DgeaHeatmap, un paquete R diseñado para el análisis de la expresión génica diferencial y la generación de mapas de calor.
• Proporcionar una solución simplificada e independiente del servidor para el análisis de datos transcriptómicos de Nanostring GeoMx DSP.
• Mejorar la flexibilidad, la transparencia y la reproducibilidad en el análisis de datos transcriptómicos.

Principales métodos:

• Desarrollo de un paquete R, DgeaHeatmap, con funciones fáciles de usar.
• La inclusión de herramientas para el preprocesamiento, el filtrado y la anotación de conjuntos de datos transcriptómicos (tanto los recuentos normalizados como los crudos).
• Implementación del escalamiento de la puntuación Z y de la agrupación de las medias k para la generación de mapas de calor.
• Adaptación de un flujo de trabajo de GeoMxTools para el manejo de datos crudos de GeoMx DSP.

Principales resultados:

• DgeaHeatmap ofrece funciones simplificadas para el análisis de la expresión génica diferencial y la generación de mapas de calor.
• El paquete admite datos de conteo normalizados y crudos, lo que permite un análisis exhaustivo.
• El análisis independiente del servidor mejora la flexibilidad, la transparencia y la reproducibilidad para los investigadores.
• Los mapas de calor personalizables se generan utilizando el escalamiento de la puntuación Z y el agrupamiento de las medias k.

Conclusiones:

• DgeaHeatmap proporciona un paquete R accesible y flexible para el análisis de datos transcriptómicos.
• El paquete permite a los investigadores, incluidos aquellos con poca experiencia en bioinformática, analizar datos complejos de manera efectiva.
• DgeaHeatmap promueve una mayor transparencia, personalización y reproducibilidad en los estudios de expresión génica.