Evaluación de los hallazgos de FISH atípicos mediante secuenciación de ARN

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• Diagnóstico molecular
• La genética

Sus antecedentes:

• La hibridación fluorescente in situ (FISH) con sondas de separación (BAP) es un método estándar para detectar reordenamientos genéticos en tumores fijos en formalina y parafina (FFPE).
• Si bien los ensayos BAP FISH suelen proporcionar resultados claros, algunos tumores presentan hallazgos equívocos que requieren una investigación adicional.

Objetivo del estudio:

• Para analizar los resultados típicos y atípicos de BAP FISH de una gran cohorte de tumores sólidos de FFPE.
• Evaluar la utilidad clínica de la secuenciación de ARN (RNA-seq) para resolver resultados equívocos de FISH.

Principales métodos:

• Análisis retrospectivo de 56.584 tumores sólidos de FFPE probados con BAP FISH durante una década.
• Aplicación de ARN-seq a 113 tumores con resultados FISH equívocos para detectar fusiones de genes oncogénicos.

Principales resultados:

• De los 8.586 resultados anormales de FISH, 748 (8,7%) fueron equívocos.
• La secuenciación de ARN detectó fusiones oncogénicas en 46/113 (40,7%) de los tumores analizados.
• Para los casos de FISH equívocos, la secuencia de ARN identificó fusiones en el 59,7% de los tumores con patrones de señal específicos frente al 9,1% con otros patrones atípicos.

Conclusiones:

• Se estableció un marco para categorizar los resultados atípicos de BAP FISH.
• El RNA-seq es una herramienta valiosa para aclarar resultados equívocos de FISH e identificar fusiones de genes clínicamente relevantes en oncología.