Análisis genómico dirigido de un modelo de huésped de pelagifago marino predominantemente no cultivado mediante...

Área de la Ciencia:

• Microbiología marina
• Virología
• Ciencias del medio ambiente

Sus antecedentes:

• Los microbios y los virus son cruciales para los ciclos biogeoquímicos globales.
• La comprensión de las interacciones entre virus y huésped es clave para la dinámica del ecosistema.
• Las parejas de virus y huésped no cultivadas, ecológicamente relevantes, requieren herramientas de cribado de alto rendimiento.

Objetivo del estudio:

• Investigar las interacciones del huésped con el pelagifago vSAG 37-F6 no cultivado utilizando tecnología de microfluidos y cápsulas semipermeables (SPC).
• Validar la tecnología microfluídica-SPC con pares de virus y huésped cultivados.
• Para examinar las células marinas individuales para detectar la presencia de virus similares al vSAG 37-F6.

Principales métodos:

• Encapsulación microfluídica de células marinas individuales en el RCP.
• Líisis celulares y amplificación de todo el genoma.
• Evaluación de la reacción en cadena de la polimerasa fluorescente (PCR) para los genes marcadores virales.
• Secuenciación de alto rendimiento de células supuestamente infectadas.

Principales resultados:

• Aproximadamente el 30% de las células marinas objetivo (≤ 0,45 μm) contenían virus similares al vSAG 37-F6.
• La secuenciación reveló ~ 60% de lecturas virales y ~ 85% de fragmentos del genoma viral de células clasificadas, lo que indica una infección en etapa tardía.
• Se detectaron dos grupos virales principales: vSAG 37-F6 y un grupo mixto (cianófagos, pelagiófagos y vibriófagos).
• Se lee asignado a Pelagibacter spp. TMED287 constituyó el ~ 20% del total de lecturas.

Conclusiones:

• La tecnología microfluídica-SPC es eficaz para estudiar las interacciones entre virus y huésped no cultivados.
• El estudio identificó el vSAG 37-F6 como un virus marino abundante y su huésped, Pelagibacter spp. TMED287. ¿Cuál es su nombre?
• Esta tecnología tiene un amplio potencial para explorar comunidades microbianas y virales no cultivadas en varios campos científicos.