PlasmoDocking: una herramienta web de código abierto fácil de usar para la detección virtual dirigida a las enzimas...

Área de la Ciencia:

• Química computacional
• Parasitología
• Descubrimiento de drogas

Sus antecedentes:

• El acoplamiento molecular es crucial para identificar compuestos antipalúdicos.
• Las herramientas existentes como AutodockGPU tienen barreras de usabilidad y complejidad para usuarios no especializados.
• El cribado de múltiples objetivos requiere una preparación compleja de los receptores.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una plataforma web automatizada y fácil de usar para simulaciones de acoplamiento molecular.
• Para facilitar el cribado de múltiples objetivos contra Plasmodium falciparum.
• Acelerar el descubrimiento de nuevos compuestos terapéuticos para la malaria.

Principales métodos:

• Desarrollado Plasmodocking, una plataforma basada en la web utilizando Python y Next.js.
• Selección automática de las estructuras moleculares mediante AutodockGPU (formato .sdf).
• Integrado 38 objetivos de Plasmodium falciparum preconfigurados para simulaciones de acoplamiento.

Principales resultados:

• El acoplamiento de plasma permite el acoplamiento automático y simultáneo de múltiples objetivos.
• Los usuarios pueden enviar hasta 10 estructuras moleculares para su selección.
• Facilita la comparación sistemática de las energías de unión con los ligandos cocristalizados.

Conclusiones:

• El plasmodocking reduce significativamente la barrera para los usuarios no especializados en el descubrimiento de medicamentos contra la malaria.
• La plataforma acelera la identificación de fármacos antimaláricos potenciales a través de un eficiente cribado de múltiples objetivos.
• Se proporciona una plataforma de código abierto para fomentar la investigación y el desarrollo.