Scnanoseq: una tubería de núcleo nf para la secuenciación de ARN unicelular de nanoporo de oxford

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La bioinformática
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• La secuenciación de ARN de una sola célula de larga lectura (scRNA-seq) permite la cuantificación de la transcripción y la isoforma de longitud completa.
• Históricamente, el scRNA-seq requería datos de lectura corta para corregir errores de secuenciación e identificar códigos de barras celulares.
• Los avances en la secuenciación y los métodos computacionales han reducido esta dependencia, pero persisten las limitaciones del flujo de trabajo.

Objetivo del estudio:

• Para presentar nf-core/scnanoseq, una tubería de análisis secundario modular y portátil para datos de secuencia de scRNA de larga lectura.
• Para permitir una cuantificación precisa a nivel de genes y transcripciones a partir de datos de ARN de una sola célula y un solo núcleo leídos durante mucho tiempo.
• Abordar la necesidad de flujos de trabajo computacionales accesibles y reproducibles en transcriptómica de una sola célula.

Principales métodos:

• Implementación de una tubería basada en Nextflow dentro del marco nf-core.
• Incorporación de las mejores prácticas para el análisis de datos de una sola célula y un solo núcleo.
• Se incluyen módulos para la detección/corrección de códigos de barras, la alineación de lectura, la deduplicación de IMU, la cuantificación y el control de calidad.

Principales resultados:

• nf-core/scnanoseq ofrece cuantificación a nivel de genes y transcripciones a partir de datos de secuenciación de scRNA de larga lectura.
• La tubería es portátil, escalable y garantiza resultados reproducibles en diferentes entornos computacionales.
• Proporciona informes completos de control de calidad para los datos analizados.

Conclusiones:

• nf-core/scnanoseq supera las limitaciones anteriores al permitir el análisis directo de datos de secuencia de scRNA de larga lectura.
• La tubería mejora la utilidad de las tecnologías de larga lectura para estudios transcriptómicos detallados a nivel de una sola célula.
• Su disponibilidad y marco promueven una adopción y estandarización más amplias en el campo.