La tioflavina T es una sonda más general y menos interferente para los ensayos de unión de Aptamer que SYBR Green I

Área de la Ciencia:

• Biofísica y Química
• Biología molecular
• Química analítica

Sus antecedentes:

• Los ensayos de unión fluorescente sin etiqueta son cruciales en la investigación de los aptámeros.
• La tioflavina T (ThT) fue históricamente limitada a la detección de G-cuadruplex.
• La evidencia reciente sugiere la utilidad de ThT para la unión de aptamer no G-cuadruplex.

Objetivo del estudio:

• Para dilucidar los mecanismos detrás de la eficacia de la tioflavina T en ensayos de unión de aptamer no G-cuadruplex.
• Para comparar el rendimiento de ThT con otros tintes de ADN como SYBR Green I (SGI).

Principales métodos:

• Se han investigado tres aptameros no G-cuadruplex (dirigidos a la adenosina, la kanamicina y el Tris).
• Se han realizado ensayos de unión con ThT y SGI, con diferentes proporciones de aptamer/colorante.
• Se han evaluado las afinidades de los tintes de ADN y las preferencias de la estructura del ADN (de un solo hilo frente al de dos hilos).

Principales resultados:

• ThT produjo valores consistentes de la constante de disociación (Kd) y cambios de fluorescencia a través de las relaciones.
• SYBR Green I (SGI) mostró desviaciones significativas en los valores aparentes de Kd.
• ThT exhibió una menor afinidad por el ADN y una preferencia por el ADN de una sola cadena sobre el ADN de doble cadena, a diferencia de SGI.

Conclusiones:

• Las características de unión distintas de la tioflavina T explican su fiabilidad para sondear interacciones de aptamer no G-cuadruplex.
• La menor afinidad de ThT y la preferencia por el ssDNA contribuyen a la determinación precisa de Kd en los ensayos de unión del aptamer.
• La comprensión de las interacciones específicas del tinte es fundamental para seleccionar las sondas adecuadas en ensayos basados en aptamer.