QuickProt: una herramienta de bioinformática y visualización para conjuntos de datos de proteómica basados en...

Área de la Ciencia:

• Proteomía
• Espectrometría de masas
• Biología computacional

Sus antecedentes:

• La proteómica basada en la espectrometría de masas (EM) es crucial para identificar y cuantificar péptidos y proteínas biológicas.
• Las plataformas de software existentes manejan el procesamiento de datos sin procesar, pero el análisis posterior (CQ, visualización, interpretación) carece de herramientas integradas.
• Esta brecha dificulta el análisis eficiente y exhaustivo de los datos proteómicos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una solución de software integrada y fácil de usar para el análisis de datos proteómicos.
• Simplificar el análisis de los conjuntos de datos de adquisición de datos independientes (AID) y de seguimiento de reacciones paralelas (MRP).
• Proporcionar herramientas accesibles para los investigadores con conocimientos limitados de codificación.

Principales métodos:

• Desarrollo de QuickProt, un conjunto de computadoras portátiles Google Colab basadas en Python.
• Aplicación de QuickProt para analizar los datos proteómicos internos de DIA y de dilución de isótopos estables (SID) -PRM de la EM.
• Utilizó un estudio del curso del tiempo de la eritropoyesis humana como prueba de concepto.

Principales resultados:

• QuickProt analizó con éxito los conjuntos de datos de proteómica de DIA y SID-PRM MS.
• Se han generado tablas anotadas y figuras listas para su publicación que muestran la dinámica del proteoma.
• Se identificaron aumentos tempranos en las proteínas relacionadas con la regulación génica, el metabolismo y la remodelación de la cromatina durante la eritropoyesis.

Conclusiones:

• QuickProt automatiza y agiliza eficazmente el análisis de datos proteómicos DIA y PRM-MS.
• Los cuadernos de código abierto mejoran la accesibilidad y la personalización para los investigadores.
• La herramienta facilita la interpretación eficiente de conjuntos de datos proteómicos complejos, acelerando el descubrimiento científico.