Mejorar la calidad de los gráficos de conocimientos biomédicos: un enfoque comunitario

Área de la Ciencia:

• Informática biomédica
• Ciencia de los datos
• Representación del conocimiento

Sus antecedentes:

• Los gráficos de conocimiento biomédico (KG) son herramientas cruciales en la investigación y la traducción.
• Los KG existentes a menudo carecen de prácticas consistentes de diseño, documentación y difusión, a diferencia de las ontologías.
• Esta opacidad limita su reutilización externa y su comparabilidad.

Objetivo del estudio:

• Establecer y aplicar un conjunto de criterios de evaluación para las GC biomédicas.
• Evaluar la transparencia y la reutilización de las GC biomédicas existentes.
• Identificar las áreas de estandarización y mejora en el desarrollo de KG.

Principales métodos:

• Criterios de evaluación desarrollados basados en estándares y principios de datos de campos relacionados.
• Aplicó estos criterios a un conjunto diverso de 16 KGs biomédicos.
• Analizó las variaciones en los modelos de KG, la integración de fuentes y la terminología.

Principales resultados:

• Muchos KGs biomédicos, incluso aquellos que parecen seguir las mejores prácticas, oscurecen información esencial para su reutilización.
• Existen variaciones significativas en los modelos KG, la integración de datos y la terminología del tipo de nodo en diferentes KG.
• La falta de transparencia es un problema común que impide el uso externo.

Conclusiones:

• Es esencial la adopción de criterios y normas comunes en toda la Comunidad (por ejemplo, BioLink, KGX).
• La mejora de la transparencia y la estandarización mejorará la reutilización y la comparabilidad de las KG.
• La maduración de los estándares KG es fundamental para maximizar su utilidad en la investigación biomédica.