Mapeo profundo de la interfaz TCR-antígeno utilizando virus y levaduras con pseudotipos pMHC

Área de la Ciencia:

• Inmunología
• Biología molecular
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• La especificidad del receptor de células T (TCR) es crucial para las terapias efectivas de células T.
• Los métodos actuales para mapear las interacciones TCR-antígeno carecen de escalabilidad.
• La comprensión de las relaciones de función de la secuencia TCR es vital para el desarrollo terapéutico.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método escalable para mapear la especificidad de la TCR frente a diversos antígenos.
• Investigar cómo las variaciones de la secuencia TCR, particularmente en los bucles CDR3, afectan el reconocimiento de antígenos.
• Generar datos profundos y de alto rendimiento sobre las interacciones TCR-antígeno para la ingeniería y el modelado predictivo.

Principales métodos:

• Introducción de VelociRAPTR, un enfoque de selección de las bibliotecas.
• Utilizando las bibliotecas de TCR de muestra de levadura y las partículas de muestra de péptido-MHC similares a virus (pMHC-VLPs).
• Cribado simultáneo de millones de variantes de TCR contra múltiples pMHC, incluidas las mutaciones en los bucles y péptidos CDR3.

Principales resultados:

• Los pMHC-VLP demostraron una unión eficiente a los TCRs mostrados por la levadura, dando datos comparables a los de las proteínas pMHC recombinantes.
• VelociRAPTR examinó con éxito 47 millones de variantes de TCR contra 92 pMHC.
• Se generaron mapas detallados de CDR3-pMHC que revelan cómo las mutaciones del bucle CDR3 modulan la especificidad, lo que permite la restricción selectiva o la ampliación del reconocimiento.

Conclusiones:

• VelociRAPTR proporciona una estrategia generalizable para el mapeo de la interacción proteína-proteína de alto rendimiento.
• Los mapas generados ofrecen información para la ingeniería de TCR con perfiles de unión pMHC adaptados.
• Este enfoque mejora los modelos para predecir las interacciones TCR-antígeno y el reconocimiento fuera del objetivo en las terapias con células T.