GASPS: Un marco multi-ómico para definir firmas impulsadas por aberraciones genómicas y predecir los resultados de...

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• El cáncer de pulmón es una de las principales causas de mortalidad por cáncer a nivel mundial.
• Si bien las terapias dirigidas y las inmunoterapias son prometedoras, las respuestas de los pacientes varían significativamente.
• El estado actual de la mutación del gen conductor tiene un valor pronóstico y predictivo limitado.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un marco estadístico, la firma genómica derivada de la aberración para la estratificación del paciente (GASPS), para estratificar a los pacientes con cáncer de pulmón.
• Para caracterizar la desregulación transcriptómica asociada con las aberraciones genómicas del conductor.
• Mejorar la evaluación del pronóstico del riesgo y la eficacia del tratamiento mediante terapias personalizadas.

Principales métodos:

• Desarrolló el marco GASPS para analizar la desregulación transcriptómica de las aberraciones genómicas de los conductores.
• GASPS aplicado al conjunto de datos del Atlas del Genoma del Cáncer del Adenocarcinoma Pulmonar (TCGA-LUAD) para crear firmas genéticas para 38 aberraciones del conductor.
• Firmas validadas en conjuntos de datos independientes de cáncer de pulmón que incluyen a 2.226 pacientes.

Principales resultados:

• Las firmas de genes conductores derivadas por GASPS demostraron un valor pronóstico superior en comparación con las mutaciones genómicas individuales.
• Las firmas de mutación y amplificación del EGFR mostraron asociaciones distintas con el pronóstico, la respuesta al tratamiento y la infiltración inmune del microambiente tumoral.
• La firma de la mutación STK11, no sólo el estado de la mutación, la respuesta prevista y el beneficio a largo plazo de la terapia de bloqueo del punto de control inmunológico.

Conclusiones:

• GASPS proporciona un marco sólido para la estratificación de pacientes con cáncer de pulmón basado en la desregulación transcriptómica.
• Las firmas derivadas de GASPS ofrecen mejores capacidades de pronóstico y predicción que el estado de mutación tradicional.
• El marco GASPS es adaptable para varios tipos de cáncer, lo que mejora las estrategias de tratamiento personalizadas.