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DNA Microarrays02:34

DNA Microarrays

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Microarrays are high-throughput and relatively inexpensive assays that can be automated to analyze large quantities of data at a time. They are used in genome-wide studies to compare gene or protein expression under two varied conditions, such as healthy and diseased states. Microarrays consist of glass or silica slides on which probe molecules are covalently attached through surface functionalization. Most commonly, the slides are prepared through the chemisorption of silanes to silica...
16.9K
Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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Plataforma única de clonación y expresión de proteínas para la ingeniería genética

Wakana Sato, Judee Sharon, Brock Cash

    bioRxiv : the preprint server for biology
    |September 5, 2025
    PubMed
    Resumen

    Desarrollamos una plataforma de clonación y expresión de proteínas para la detección rápida de variantes genéticas. Este método simplifica los flujos de trabajo de biología sintética al combinar la clonación de Golden Gate con sistemas libres de células, lo que permite una ingeniería de proteínas más rápida.

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    Área de la Ciencia:

    • Biología sintética
    • Biología molecular
    • Biotecnología

    Sus antecedentes:

    • Los métodos tradicionales de clonación y expresión de proteínas a menudo son laboriosos y requieren múltiples pasos como la transformación y purificación bacteriana.
    • El cribado de alto rendimiento de las variantes genéticas es crucial para las aplicaciones de ingeniería de proteínas y biología sintética.
    • El desarrollo de plataformas racionalizadas y eficientes es esencial para acelerar la investigación y el desarrollo en estos campos.

    Objetivo del estudio:

    • Para presentar una plataforma novedosa de una sola olla que integre la mutagenesis, el ensamblaje de plásmidos y la expresión de proteínas.
    • Demostrar la eficiencia y versatilidad de esta plataforma para la generación y detección de variantes genéticas.
    • Establecer un método generalizable y automatizable para la clonación de alto rendimiento y la ingeniería de proteínas.

    Principales métodos:

    • Integración de la clonación de Golden Gate con los sistemas de transcripción y traducción libres de células.
    • Diseño de reacción de un solo recipiente que elimina los pasos intermedios de purificación y amplificación bacteriana.
    • Validación utilizando proteínas fluorescentes, enzimas luciferasas, enzimas convertidoras de antibióticos y la vía biosintética de la violaceína.

    Principales resultados:

    • Generación eficiente y detección de variantes genéticas en una sola reacción.
    • Demostró versatilidad en varias aplicaciones, incluida la mutagénesis en un solo y varios sitios, la creación de bibliotecas y la ingeniería de vías metabólicas.
    • Aplicación exitosa en reacciones multiplexadas y construcción de construcciones multicistrónicas.

    Conclusiones:

    • La plataforma de un solo bote desarrollada simplifica significativamente los flujos de trabajo de clonación y expresión de proteínas.
    • Este enfoque es una herramienta versátil, generalizable y automatizable para la ingeniería de proteínas de alto rendimiento.
    • El método tiene un potencial significativo para el avance de la investigación y las aplicaciones de la biología sintética.