Modelo de datos común estudio-experimento-análisis y bases de datos para la integración y el análisis de datos...

Área de la Ciencia:

• Informática biomédica
• Inmunología
• Ciencia de los datos

Sus antecedentes:

• El aumento de los volúmenes de datos experimentales biomédicos heterogéneos plantea desafíos para la estandarización y la integración.
• Los formatos de datos existentes carecen de interoperabilidad, lo que dificulta el análisis transversal y el descubrimiento de conocimientos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un modelo de datos común (CDM) respaldado por la ontología para estandarizar e integrar diversos datos experimentales biomédicos.
• Establecer un sistema robusto para la representación, consulta y análisis de datos para descubrir ideas científicas.

Principales métodos:

• Desarrolló el modelo de datos común de estudio-experimento (SEA) utilizando principios orientados a objetos y ontologías interoperables.
• Construyó la base de datos relacional de la Red SEA basada en la ontología (OSEAN) y el gráfico de conocimiento con ETL y herramientas de consulta.
• Se aplicó el MDC del SEA para representar 1.278 estudios inmunológicos de VIGET, ImmPort y CELLxGENE.

Principales resultados:

• Se han representado con éxito más de dos millones de muestras de múltiples recursos de estudios inmunológicos utilizando el MDC de la SEA.
• Conocimientos científicos identificados sobre las respuestas inmunes específicas del sexo, incluida la desgranulación de neutrófilos y la unión al TNF, después de la vacunación contra la influenza.
• Demostró la utilidad del MDL para la consulta y el análisis robustos de datos.

Conclusiones:

• El CDM SEA respaldado por la ontología proporciona un marco estandarizado para datos biomédicos heterogéneos.
• El sistema OSEAN facilita la integración de datos y el descubrimiento de conocimientos en los ámbitos biológico y biomédico.
• Este enfoque sienta las bases para un ecosistema integrador de biodatos.