ASSET: Un marco para decodificar la especificidad de Aptamer de una biblioteca enriquecida por la secuenciación de...

Área de la Ciencia:

• Biotecnología
• Biología molecular
• La genómica

Sus antecedentes:

• El proceso SELEX identifica aptameros de ARN y ADN a través de rondas de selección de secuenciación.
• Los métodos actuales deducen la especificidad del aptamer de los patrones de enriquecimiento, que carecen de cuantificación directa.

Objetivo del estudio:

• Introducir la secuenciación de la especificidad de los aptameros para una orientación eficiente (ASSET) para la cuantificación directa de la especificidad de los aptameros.
• Permitir una clasificación robusta de los aptámeres como positivos/negativos verdaderos o falsos.

Principales métodos:

• ASSET utiliza secuenciación de próxima generación (NGS) con una secuencia de referencia interna para la normalización.
• Calcula puntuaciones de especificidad de aptamer estadísticamente significativas y genera perfiles de especificidad.
• Integra las puntuaciones ASSET con los datos de secuenciación SELEX convencionales.

Principales resultados:

• Las puntuaciones de especificidad de ASSET se correlacionan fuertemente con la especificidad medida experimentalmente.
• El método permite una separación efectiva de los aptámeres positivos verdaderos de los falsos positivos.
• ASSET demuestra un rendimiento superior en comparación con las métricas de abundancia o enriquecimiento.

Conclusiones:

• ASSET proporciona una métrica más eficaz para la selección de candidatos a aptameros de plomo después de SELEX.
• Este marco acelera el descubrimiento de aptamer para aplicaciones terapéuticas y de diagnóstico.
• ASSET mejora la fiabilidad y la eficiencia de la identificación de aptamer.