Evaluación de la cuantificación de la relación relativa de iones de proteínas en la espectrometría de ionización por...

Área de la Ciencia:

• Proteomía
• Espectrometría de masas
• La bioquímica

Sus antecedentes:

• La espectrometría de masas por ionización por electrospray (ESI) es crucial para analizar las proteínas modificadas post-traducionalmente.
• El análisis de arriba hacia abajo de las proteoformas intactas es cada vez más factible con la tecnología avanzada de EM.
• La cuantificación precisa de las proteoformas requiere tener en cuenta el impacto de las modificaciones post-traducionales (PTM) en la eficiencia de detección.

Objetivo del estudio:

• Validar la fiabilidad de las relaciones relativas de iones de proteínas (PIRR) para cuantificar proteoformas con diferentes grados de PTM en el ESI-MS de arriba hacia abajo.
• Evaluar la fidelidad de la cuantificación de la PIRR a través de diferentes niveles y sitios de acetilación en las proteoformas de histona H3.

Principales métodos:

• Utilizó un sistema de traducción ortogonal para producir proteoformas de histona H3 recombinantes acetiladas específicamente para el sitio con grados de acetilación controlados.
• Se ha realizado una cuantificación absoluta mediante espectrofotometría UV.
• Mezclas isométricas de proteoformas analizadas mediante infusión directa - ESI-MS y intercambio catiónico débil/interacción hidrófila - ESI-MS.

Principales resultados:

• Las proporciones relativas de iones de proteína (PIRR) coincidieron constantemente con las proporciones teóricas en todas las proteoformas de histona H3 probadas.
• La precisión observada fue independiente del grado o sitio específico de acetilación.
• Esto confirma la solidez de la cuantificación de la PIRR para las proteoformas con PTM heterogéneos.

Conclusiones:

• La cuantificación de la PIRR es un método válido y fiable para el análisis de proteoformas de ESI-MS de arriba hacia abajo, en particular las que tienen PTM variables.
• Los hallazgos apoyan el uso de PIRR para la cuantificación precisa de las proteoformas de histona.
• Este estudio refuerza la utilidad de la espectrometría de masas de arriba hacia abajo para la caracterización detallada de las proteoformas.