Coalescing genomas de una sola célula y transcriptomas para decodificar la progresión del cáncer de mama

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• La genómica
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• Comprender la progresión del cáncer de mama requiere un análisis simultáneo de genomas y transcriptomas de una sola célula.
• Los métodos actuales carecen de la resolución para vincular el genotipo y el fenotipo a nivel de una sola célula para enfermedades complejas como el cáncer de mama.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un método de alto rendimiento y alta resolución para el perfilamiento simultáneo del genoma y el transcriptoma de una sola célula.
• Investigar la célula de origen y las relaciones genotipo-fenotipo en el cáncer de mama receptor de estrógeno positivo.

Principales métodos:

• Desarrollo de wellDR-seq, un nuevo método para el perfilado simultáneo del genoma y el transcriptoma de miles de células individuales.
• Aplicación de wellDR-seq a 33.646 células individuales de 12 pacientes con cáncer de mama positivo para los receptores de estrógeno.

Principales resultados:

• Identificación de subclones ancestrales con un linaje luminal sensible a las hormonas, lo que sugiere una posible célula de origen en múltiples pacientes.
• Caracterización de las relaciones de dosis de genes a nivel subclónico, revelando correlaciones casi lineales en grandes segmentos cromosómicos y variaciones de un solo gen.
• Descubrimiento de genes sensibles y no sensibles a la dosis, incluidos los genes conocidos del cáncer de mama y las aberraciones esporádicas del número de copias en las células no cancerosas.

Conclusiones:

• wellDR-seq proporciona una visión sin precedentes de la genómica de una sola célula y la transcriptómica en el cáncer de mama.
• Los hallazgos aclaran relaciones complejas de número de copias y expresión génica, avanzando en la comprensión de la progresión del cáncer de mama y sus posibles orígenes.