La metilación fluctuante del ADN rastrea la evolución del cáncer a escala clínica

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La progresión del cáncer es un proceso evolutivo, pero es difícil rastrear su dinámica a escala.
• Los métodos existentes para analizar la evolución del cáncer son a menudo complejos o de alcance limitado.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una nueva metodología, EVOFLUX, para inferir cuantitativamente la dinámica evolutiva del cáncer.
• Aplicar EVOFLUX a una gran cohorte de muestras de cáncer linfoide para caracterizar la heterogeneidad evolutiva.
• Explorar las implicaciones clínicas de la dinámica evolutiva del cáncer, incluido el pronóstico.

Principales métodos:

• Desarrollo de EVOFLUX, un método que utiliza códigos de barras de metilación de ADN natural.
• Aplicación de EVOFLUX en 1.976 perfiles de metilación de tumores a granel de cánceres linfoides.
• Análisis filogenético de subtipos específicos de cáncer, incluida la CLL transformada por Richter.
• Verificación ortogonal utilizando datos genéticos (por ejemplo, secuenciación de nanoporos) y variables clínicas.

Principales resultados:

• EVOFLUX deduce cuantitativamente la tasa de crecimiento tumoral, la edad de la malignidad y las tasas de epimutación a partir de los datos de metilación.
• Se observaron variaciones significativas en los parámetros evolutivos entre los diferentes tipos de cáncer linfoide.
• La selección subclonal es poco frecuente; ocasionalmente se detectan múltiples tumores primarios independientes.
• El crecimiento inicial más rápido del tumor se correlaciona con los subtipos de enfermedad agresivos.
• La historia evolutiva del cáncer es un factor pronóstico independiente significativo en la leucemia linfocítica crónica.
• EVOFLUX identificó que el origen de los clones transformados en CLL transformado por Richter puede ser anterior a la presentación clínica por décadas.

Conclusiones:

• Los datos de metilación de ADN ampliamente disponibles pueden medir con precisión la dinámica evolutiva del cáncer utilizando EVOFLUX.
• EVOFLUX proporciona nuevos conocimientos sobre la biología del cáncer, la heterogeneidad y el comportamiento clínico.
• La metodología ofrece un enfoque escalable de bajo costo para la investigación evolutiva del cáncer y la aplicación clínica.