Evaluación de la confianza filogenética a escalas pandémicas

Área de la Ciencia:

• Biología evolutiva
• Epidemiología genómica
• Biología computacional

Sus antecedentes:

• La evaluación de la confianza filogenética es vital en biología evolutiva y epidemiología genómica.
• Los métodos existentes como el bootstrap carecen de eficiencia para grandes conjuntos de datos y pueden ser difíciles de interpretar.
• Los métodos actuales se centran en la pertenencia al clado, lo que limita su aplicación en contextos epidemiológicos.

Objetivo del estudio:

• Introducir la evaluación del árbol basada en la poda y el enjerte (SPRTA) como un método eficiente e interpretable para la confianza filogenética.
• Para cambiar la medición del apoyo filogenético de la pertenencia al clado a las historias evolutivas y la colocación del linaje.
• Para permitir una evaluación probabilística a escala pandémica de las historias de transmisión y mutación.

Principales métodos:

• Desarrollo y aplicación de la evaluación de los árboles basada en la poda y el enjerte (SPRTA).
• Análisis de un árbol filogenético global de SARS-CoV-2 que comprende más de dos millones de genomas.
• Evaluación del impacto de la incertidumbre filogenética en las tasas de mutación inferidas y la clasificación del linaje.

Principales resultados:

• El SPRTA proporciona un enfoque eficiente e interpretable para evaluar la confianza filogenética.
• Se identificaron orígenes evolutivos alternativos plausibles para las variantes del SARS-CoV-2.
• Se demostró el efecto de la incertidumbre filogenética en la inferencia de la tasa de mutación y la fiabilidad de la clasificación del linaje Pango.

Conclusiones:

• El SPRTA permite una evaluación probabilística detallada a escala pandémica de las historias de transmisión y mutación.
• El método mejora la interpretabilidad de análisis filogenéticos a gran escala.
• SPRTA mejora las capacidades de preparación y respuesta para futuras pandemias.