Secuenciación del genoma completo como alternativa fiable para la serotipificación de Salmonella: un estudio...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• Genómica
• Seguridad alimentaria

Sus antecedentes:

• Salmonella enterica es un patógeno alimentario importante que causa problemas de salud a nivel mundial.
• La serotipificación basada en antígenos O y H es crucial para la clasificación de Salmonella, pero es laboriosa.
• Los métodos tradicionales enfrentan desafíos en velocidad y precisión para clasificar más de 2600 serotipos de Salmonella.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la secuenciación del genoma completo (WGS) como método para la clasificación de Salmonella enterica.
• Comparar la serotipificación basada en WGS con el método de referencia de aglutinación sérica.
• Evaluar la eficiencia y precisión de la WGS para la identificación de serotipos de Salmonella.

Principales métodos:

• Se recolectaron 282 aislados de Salmonella enterica de enero de 2021 a diciembre de 2024.
• Se realizó la serotipificación de referencia utilizando antígenos O y H mediante aglutinación sérica.
• Se realizó la secuenciación del genoma completo (WGS) utilizando Illumina MiSeq y se analizaron las lecturas con las herramientas SeqSero2 y SISTR.

Principales resultados:

• La WGS predijo con precisión los serotipos de 236 de 282 aislados, mostrando una alta concordancia con el método de referencia.
• La tipificación genómica identificó con éxito 34 aislados en los que falló el método de referencia.
• La WGS clasificó todos los aislados, manteniendo la coherencia con las clasificaciones existentes de subespecies y serovares de Salmonella.

Conclusiones:

• La secuenciación del genoma completo es un método robusto y fiable para la tipificación de Salmonella.
• La WGS ofrece ventajas en velocidad y rendimiento de muestras en comparación con los métodos tradicionales.
• La WGS mejora las capacidades de identificación, tipificando con éxito aislados que son un desafío para los métodos de referencia.