LinkML: Un marco de modelado de datos abierto

Área de la Ciencia:

• Ciencia de datos
• Biología computacional
• Gestión de la información

Sus antecedentes:

• Los datos científicos a menudo no están estructurados (por ejemplo, cuadernos de texto libre, hojas de cálculo), lo que dificulta la interoperabilidad.
• La falta de estandarización de datos complica la integración, validación y reutilización.
• Los modelos de datos existentes pueden ser complejos y conducir a la proliferación de formatos de un solo uso.

Objetivo del estudio:

• Presentar LinkML (Linked Data Modeling Language) como una solución para la estandarización de datos.
• Demostrar la capacidad de LinkML para simplificar la creación, validación e intercambio de datos.
• Promover la adopción de LinkML para mejorar la interoperabilidad de los datos y el cumplimiento de FAIR.

Principales métodos:

• Utiliza un marco abierto con una sintaxis accesible para describir esquemas de datos, clases y relaciones.
• Admite diversas estructuras de datos, desde listas simples hasta modelos complejos y normalizados con herencia.
• Permite la integración perfecta con marcos existentes y la importación de esquemas.

Principales resultados:

• LinkML permite la creación de estructuras de datos bien definidas, estables y alineadas con ontologías.
• Facilita la colaboración interdisciplinaria a través de semánticas de datos accesibles.
• Simplifica el proceso de definición y compartición de modelos de datos.

Conclusiones:

• LinkML reduce la heterogeneidad y complejidad de los datos, promoviendo los estándares de datos FAIR.
• Tiene una amplia adopción en diversos dominios científicos y comerciales.
• LinkML hace que los modelos de datos implícitos sean explícitos y computables, estandarizando los datos en su origen.