EucaMOD: una base de datos integral de multiómica para la investigación en genómica funcional y la mejora molecular...

Área de la Ciencia:

• Genómica vegetal
• Bioinformática
• Ciencia forestal

Sus antecedentes:

• El eucalipto es un árbol de plantación de importancia mundial, vital para beneficios económicos y sociales.
• El avance de las tecnologías de secuenciación impulsa la demanda de análisis de datos de multiómica en eucalipto para la mejora genética.
• Las bases de datos genómicas de eucalipto existentes están desactualizadas y carecen de datos integrales de multiómica.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una base de datos de multiómica integral y actualizada para especies de eucalipto.
• Facilitar estudios inter-ómicos y apoyar la investigación en mejora genética y genómica funcional.
• Proporcionar un recurso centralizado para analizar diversos datos moleculares de eucalipto.

Principales métodos:

• Anotación funcional y estructural de 45 genomas de eucalipto.
• Análisis genómico comparativo y pan-proteómico en todos los genomas.
• Análisis estandarizado de datos de transcriptoma, epigenoma y varioma.

Principales resultados:

• Desarrollo de la Base de Datos de Multiómica de Eucalipto (EucaMOD) con una extensa integración de datos.
• EucaMOD contiene datos de 45 genomas (39 especies), 870 muestras de mRNA-seq, 17 de miRNA-seq, 52 epigenómicas y 1219 de variación.
• La base de datos está estructurada en 11 módulos e incluye herramientas de análisis en línea.

Conclusiones:

• EucaMOD es la base de datos de multiómica más completa para eucalipto hasta la fecha.
• La base de datos apoya la minería de datos en profundidad y el reanálisis para la investigación en eucalipto.
• EucaMOD proporciona servicios públicos gratuitos para avanzar en los estudios de función génica e ingeniería genética de eucalipto.