Genómica en múltiples etapas en células individuales y cultivos vivos en cápsulas de subnanolitros

Área de la Ciencia:

• Biotecnología
• La genómica
• Biología celular

Sus antecedentes:

• La secuenciación de una sola célula revela variación celular, pero se enfrenta a limitaciones de rendimiento en ensayos genómicos funcionales de varios pasos, especialmente para las células vivas.
• Los métodos actuales luchan para escalar ensayos complejos, lo que dificulta el análisis integral de la dinámica celular.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una plataforma novedosa para ensayos genómicos funcionales de alto rendimiento en células vivas.
• Permitir la captura escalable de datos transcriptómicos de poblaciones celulares en expansión dentro de un entorno controlado.

Principales métodos:

• Desarrollo de cápsulas con envolturas de gel anfifílico (CAGE) diseñadas para retener células y moléculas grandes mientras se permite el acceso al reactivo.
• Establecimiento de métodos de codificación de librerías de ADN compatibles con las CAGE.
• Aplicación de CAGE para capturar transcriptomas de decenas de miles de clones de células en expansión.

Principales resultados:

• Los CAGE permiten con éxito ensayos de alto rendimiento en varios pasos que combinan cultivos de células vivas con lecturas de todo el genoma.
• Medición demostrada de la persistencia del programa de expresión génica en las células mediante el análisis de transcriptomas de clones capturados por CAGE.
• Compatibilidad CAGE validada con diversas reacciones enzimáticas para aplicaciones de alto rendimiento de una sola célula expandida.

Conclusiones:

• Los CAGE representan un avance significativo para el análisis de células únicas de alto rendimiento, en particular para los ensayos de células vivas.
• Esta tecnología amplía las capacidades de la genómica funcional, facilitando una visión más profunda del comportamiento celular y la dinámica de la expresión génica.
• La versatilidad de la plataforma promete ampliar el alcance de las mediciones de alto rendimiento de una sola célula en la investigación biológica.