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Updated: Jan 8, 2026

High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

Published on: March 5, 2022

Dinámica funcional entre microbios residentes transcripcionalmente activos (TAMs) y genes del huésped subyacen a la

Pallawi Kumari^1,2, Priti Devi¹, Basudha Banerjee¹

¹Division of Infectious Disease Biology, INtegrative GENomics of Host-PathogEn (INGEN-HOPE) laboratory, CSIR-Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB), Mall Road, Delhi, India.

PLoS neglected tropical diseases

|December 19, 2025

Resumen

Este estudio revela cómo microbios específicos y genes del huésped interactúan para influir en la gravedad de la enfermedad del dengue. El aprendizaje automático identificó factores microbianos y del huésped clave relacionados con la desregulación inmunitaria en pacientes con dengue grave.

Área de la Ciencia:

Microbiología; Genómica; Inmunología; Biología Computacional

Sus antecedentes:

Las interacciones huésped-microbio son cruciales para comprender la enfermedad.
El microbioma influye en la expresión génica y la fisiología del huésped.
La infección por el virus del dengue afecta las funciones inmunitarias y metabólicas del huésped.

Objetivo del estudio:

Investigar el papel de los microbios transcripcionalmente activos (TAM) en pacientes con dengue.
Identificar genes del huésped modulados por la actividad microbiana durante la infección por dengue.
Comprender la interacción entre los transcriptomas del huésped y el microbiano en la gravedad de la enfermedad del dengue.

Principales métodos:

Análisis de 112 transcriptomas de sangre completa de pacientes con dengue.
Integración de datos de secuenciación de ARN dual.
Aplicación de marcos de aprendizaje automático, incluido el análisis de correlación canónica dispersa (SCCA) y la regresión de Lasso.

Principales resultados:

Identificación de asociaciones transcriptómicas compartidas y específicas de la enfermedad entre el huésped y el microbio.
Microbios oportunistas específicos (p. ej., Acetobacter-ghanensis, Achromobacter sp. B7) vinculados a la desregulación inmunitaria en el dengue grave.
Asociación de genes del huésped (p. ej., PPME1, TIMP2, NLRC4, RhoB) con la desregulación inmunitaria en pacientes con dengue grave.

Conclusiones:

Los microbios transcripcionalmente activos y los genes específicos del huésped desempeñan funciones distintas en la fisiopatología del dengue.
Estos hallazgos resaltan las vías moleculares específicas de la enfermedad en las interacciones huésped-microbio durante el dengue.
La comprensión de estas interacciones puede informar nuevas estrategias de tratamiento para el dengue.

Palabras clave:

microbiota dengue infección genoma transcriptoma inmunidad aprendizaje automático interacciones huésped-microbio patógenos enfermedades infecciosas

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