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Proteomics01:33

Proteomics

9.2K
A proteome is the entire set of proteins that a cell type produces. We can study proteomes using the knowledge of genomes because genes code for mRNAs, and the mRNAs encode proteins. Although mRNA analysis is a step in the right direction, not all mRNAs are translated into proteins.
Proteomics is the study of proteomes' function. It involves the large-scale systematic study of the proteome to denote the protein complement expressed by a genome. Scientist Mark Wilkins coined the term...
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Melissa Klingeberg1, Christoph Krisp2, Sonja Fritzsche1

  • 1Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association (MDC), Spatial Proteomics Group, Berlin, Germany; MDC-Bruker Center of Excellence for Single Cell Omics, Berlin, Germany; Humboldt University of Berlin, Faculty of Life Science, Berlin, Germany.

Molecular & cellular proteomics : MCP
|December 19, 2025
PubMed
Resumen

Los flujos de trabajo optimizados de proteómica espacial de tejidos permiten el análisis de proteoma de alta resolución. Este estudio detalla un protocolo cellenONE y gradientes Evosep ONE Whisper Zoom, logrando más de 7500 cuantificaciones de proteínas y apoyando la investigación traslacional a gran escala.

Palabras clave:
proteómica espacialproteómicaanálisis de tejidoscromatografíaespectrometría de masasinvestigación traslacional

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Área de la Ciencia:

  • Proteómica
  • Espectrometría de masas
  • Análisis de tejidos

Sus antecedentes:

  • Los proteomas espaciales de tejidos de alta resolución requieren un procesamiento de muestras, cromatografía y adquisición de espectrometría de masas (MS) optimizados.
  • El equilibrio de estos factores es crucial para una cobertura integral del proteoma.

Objetivo del estudio:

  • Presentar un protocolo avanzado de cellenONE para el procesamiento de tejidos con pérdida reducida.
  • Comparar los gradientes Evosep ONE Whisper Zoom y los esquemas de adquisición DIA comunes en un espectrómetro de masas timsUltra AIP.
  • Evaluar el impacto del tipo de tejido, la longitud del gradiente y la cantidad de muestra en la cobertura del proteoma.

Principales métodos:

  • Se utilizó un protocolo avanzado de cellenONE para el procesamiento de tejidos.
  • Se emplearon gradientes Evosep ONE Whisper Zoom (20, 40, 80, 120 muestras por día).
  • Se utilizaron tres esquemas comunes de adquisición de datos independientes (DIA) en un espectrómetro de masas timsUltra AIP.

Principales resultados:

  • El tipo de tejido, la longitud del gradiente y la cantidad de muestra influyen significativamente en la cobertura del proteoma.
  • El aumento del muestreo de tejido produjo rendimientos decrecientes para gradientes cortos (120/80 SPD) pero ganancias sustanciales para gradientes más largos (40/20 SPD).
  • Se cuantificaron más de 7500 proteínas a partir de 0,5 nL de nichos de células T de amígdalas utilizando gradientes más largos y mayores cantidades de tejido; se cuantificaron 3200 proteínas a partir de 0,04 nL con el método 120 SPD.

Conclusiones:

  • El flujo de trabajo desarrollado permite la preparación y adquisición de más de 100 proteomas espaciales de tejidos de alta calidad al día.
  • Esto facilita la proteómica espacial de tamaño de cohorte para la investigación traslacional.
  • Se demostró la aplicación en el carcinoma de células escamosas de la cavidad oral, revelando vías de enfermedad y cambios específicos de la región.