Un flujo de trabajo de proteómica espacial ultrasensible de tejidos que supera los 100 proteomas por día

Área de la Ciencia:

• Proteómica
• Espectrometría de masas
• Análisis de tejidos

Sus antecedentes:

• Los proteomas espaciales de tejidos de alta resolución requieren un procesamiento de muestras, cromatografía y adquisición de espectrometría de masas (MS) optimizados.
• El equilibrio de estos factores es crucial para una cobertura integral del proteoma.

Objetivo del estudio:

• Presentar un protocolo avanzado de cellenONE para el procesamiento de tejidos con pérdida reducida.
• Comparar los gradientes Evosep ONE Whisper Zoom y los esquemas de adquisición DIA comunes en un espectrómetro de masas timsUltra AIP.
• Evaluar el impacto del tipo de tejido, la longitud del gradiente y la cantidad de muestra en la cobertura del proteoma.

Principales métodos:

• Se utilizó un protocolo avanzado de cellenONE para el procesamiento de tejidos.
• Se emplearon gradientes Evosep ONE Whisper Zoom (20, 40, 80, 120 muestras por día).
• Se utilizaron tres esquemas comunes de adquisición de datos independientes (DIA) en un espectrómetro de masas timsUltra AIP.

Principales resultados:

• El tipo de tejido, la longitud del gradiente y la cantidad de muestra influyen significativamente en la cobertura del proteoma.
• El aumento del muestreo de tejido produjo rendimientos decrecientes para gradientes cortos (120/80 SPD) pero ganancias sustanciales para gradientes más largos (40/20 SPD).
• Se cuantificaron más de 7500 proteínas a partir de 0,5 nL de nichos de células T de amígdalas utilizando gradientes más largos y mayores cantidades de tejido; se cuantificaron 3200 proteínas a partir de 0,04 nL con el método 120 SPD.

Conclusiones:

• El flujo de trabajo desarrollado permite la preparación y adquisición de más de 100 proteomas espaciales de tejidos de alta calidad al día.
• Esto facilita la proteómica espacial de tamaño de cohorte para la investigación traslacional.
• Se demostró la aplicación en el carcinoma de células escamosas de la cavidad oral, revelando vías de enfermedad y cambios específicos de la región.