UnMuted: Definición de linajes de SARS-CoV-2 según clústeres de mutaciones temporalmente consistentes en muestras de...

Área de la Ciencia:

• Virología y Epidemiología Molecular
• Vigilancia de Salud Pública
• Bioinformática y Biología Computacional

Sus antecedentes:

• Los linajes de síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) se definen típicamente por análisis filogenético de muestras clínicas.
• La estimación de la abundancia de linajes a partir de aguas residuales se basa en suposiciones sobre las frecuencias de mutaciones y las contribuciones de linajes.
• Los métodos existentes carecen de un seguimiento temporal robusto tanto de la abundancia de linajes como de sus mutaciones definitorias.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y evaluar modelos para estimar tendencias temporales en la abundancia y definiciones de linajes de SARS-CoV-2 directamente de los datos de vigilancia de aguas residuales.
• Evaluar la utilidad de los patrones de coocurrencia de mutaciones a lo largo del tiempo como un proxy para la definición de linajes.
• Comparar las tendencias de linajes derivadas de aguas residuales con las de los datos clínicos.

Principales métodos:

• Desarrollo de tres modelos computacionales para analizar datos de secuenciación longitudinal de aguas residuales.
• Los modelos incluyen: un modelo no temporal, un modelo temporal que permite linajes faltantes y un modelo temporal que estima todos los linajes.
• Suposición de que las mutaciones coocurrentes a lo largo del tiempo pueden definir linajes distintos de SARS-CoV-2.

Principales resultados:

• El estudio estimó con éxito las tendencias temporales en la abundancia y las definiciones de linajes de SARS-CoV-2 utilizando datos de aguas residuales.
• Las dinámicas temporales de las definiciones de linajes estimadas a partir de aguas residuales reflejaron estrechamente las tendencias observadas en los datos de vigilancia clínica.
• Esta correspondencia se logró sin incorporar información de muestras clínicas en los modelos de análisis de aguas residuales.

Conclusiones:

• La vigilancia basada en aguas residuales puede rastrear eficazmente la dinámica temporal de los linajes de SARS-CoV-2, incluidas sus definiciones evolutivas.
• La coocurrencia de mutaciones a lo largo del tiempo es una estrategia viable para definir y monitorear linajes virales en muestras ambientales.
• Este enfoque ofrece un método independiente y potente para la vigilancia de salud pública de variantes virales emergentes.