Perfilado transcriptómico unicelular y aprendizaje automático identifican LAMC2, asociado a la S-nitrosilación, como...

Área de la Ciencia:

• Oncología
• Bioquímica
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• El cáncer de páncreas (CP) es una neoplasia muy letal con mal pronóstico y opciones de tratamiento limitadas.
• Las modificaciones postraduccionales (PTM) regulan la biología tumoral, pero el papel de la S-nitrosilación en el CP está poco estudiado.
• La S-nitrosilación es una modificación basada en redox de la cisteína que afecta la función de las proteínas.

Objetivo del estudio:

• Investigar el papel de la S-nitrosilación en el cáncer de páncreas.
• Desarrollar un modelo pronóstico para el CP utilizando genes relacionados con la S-nitrosilación.
• Identificar genes clave asociados con la S-nitrosilación y la agresividad del CP.

Principales métodos:

• Se integraron datos transcriptómicos a granel y unicelulares de múltiples cohortes grandes (TCGA, ICGC, GEO).
• Se empleó un marco de aprendizaje automático con 101 algoritmos para construir un modelo pronóstico optimizado.
• Se validó el poder predictivo del modelo en nueve cohortes independientes y se realizaron ensayos funcionales in vitro sobre LAMC2.

Principales resultados:

• La S-nitrosilación se enriqueció en gran medida en el CP, particularmente en células ductales malignas y fibroblastos.
• El modelo pronóstico desarrollado demostró un excelente rendimiento (C-index de TCGA = 0.827) y estratificó a los pacientes por riesgo.
• Los pacientes de alto riesgo mostraron una peor supervivencia, y LAMC2 se identificó como un gen clave correlacionado con el riesgo, vinculado a las vías de EMT, TGF-β e hipoxia.
• La reducción de LAMC2 redujo la migración celular y la formación de colonias.

Conclusiones:

• La S-nitrosilación es una PTM crítica en la patogénesis del cáncer de páncreas.
• Se estableció un modelo pronóstico robusto para el CP basado en aprendizaje automático.
• LAMC2 actúa como un efector oncogénico clave, conectando la desregulación de la S-nitrosilación con la agresividad tumoral, ofreciendo posibles dianas terapéuticas.