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Updated: Jan 8, 2026
Navigating the Mass Spectrometry-Based Proteomic Data Using Free Computational Tools
Published on: August 19, 2025
Benchmarking de Software para Inmunopeptidómica DDA-PASEF
Yannic Chen1, Annica Preikschat2, Annette Arnold3
1Helmholtz Institute for Translational Oncology Mainz (HI-TRON Mainz) - A Helmholtz Institute of the DKFZ, Mainz, Germany; DKFZ German Cancer Research Center, Heidelberg, Germany.
Este estudio compara software de inmunopeptidómica, encontrando que PEAKS y FragPipe identifican la mayor cantidad de inmunopéptidos. El tamaño de la base de datos impacta el rendimiento, destacando la necesidad de una cuidadosa selección de software en el análisis de espectrometría de masas.
Área de la Ciencia:
- Inmunopeptidómica
- Espectrometría de Masas (MS)
- Proteómica
Sus antecedentes:
- La espectrometría de masas es crucial para la identificación de inmunopéptidos de alto rendimiento.
- La identificación de inmunopéptidos requiere algoritmos sofisticados debido a la falta de especificidad proteolítica.
- Falta una evaluación sistemática del software de procesamiento de datos de inmunopeptidómica.
Objetivo del estudio:
- Evaluar de forma integral el software ampliamente utilizado basado en la adquisición dependiente de datos (DDA) para inmunopeptidómica.
- Comparar el rendimiento, la confianza de identificación y los posibles sesgos de MaxQuant, FragPipe, PEAKS y MHCquant.
- Evaluar el impacto del tamaño de la base de datos en la eficiencia de la identificación de inmunopéptidos.
Principales métodos:
- Benchmarking de MaxQuant, FragPipe, PEAKS y MHCquant utilizando datos Thunder-DDA-PASEF de la línea celular JY.
- Evaluación de las capacidades de identificación de inmunopéptidos y los niveles de confianza.
- Análisis de posibles sesgos y el efecto del tamaño de la base de datos en la identificación.
Principales resultados:
- Todas las plataformas de software evaluadas identificaron con éxito inmunopéptidos prominentes con control de FDR del 1% y confianza media a alta.
- PEAKS identificó el mayor número de inmunopéptidos, seguido de cerca por FragPipe, una sólida opción no comercial.
- Los tamaños de bases de datos más grandes tuvieron un impacto negativo variable en el rendimiento de las diferentes plataformas de software.
Conclusiones:
- El estudio proporciona información valiosa sobre las fortalezas y limitaciones de las herramientas actuales de procesamiento de datos de MS para inmunopeptidómica.
- Se recomiendan PEAKS y FragPipe para la identificación de inmunopéptidos, siendo FragPipe una alternativa viable.
- Los hallazgos ayudan a la comunidad de inmunopeptidómica a seleccionar el software apropiado para el análisis de datos de espectrometría de masas.
