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A parametric surface in three-dimensional space is defined through a vector-valued function\begin{equation*}\mathbf{r}(u, v) = x(u, v)\mathbf{i} + y(u, v)\mathbf{j} + z(u, v)\mathbf{k}\end{equation*}where u and v are parameters within a specified domain D in the uv-plane. The functions x(u, v), y(u, v), and z(u, v) define the coordinates of points on the surface. As u and v vary over D, the position vector r(u, v) traces a continuous surface in space. This parametric representation is essential...

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Hemangioblasts are multipotent stem cells originating from the mesoderm. They give rise to hematopoietic stem cells (HSCs), which undergo hematopoiesis to produce all the formed elements of blood. This process is regulated by a complex network of hematopoietic growth factors, including transcription factors, growth factors, and cytokines. These factors stimulate the HSCs to divide and differentiate, though some HSCs remain undifferentiated to maintain a self-renewing pool.
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El Objeto Portátil de Microhaplotipos y Herramientas

Nicholas J Hathaway¹, Kathryn Murie¹, Maxwell Murphy¹

¹EPPIcenter program, Division of HIV, ID, and Global Medicine, University of California, San Francisco, USA.

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|December 22, 2025

Resumen

Este resumen es generado por máquina.

Un nuevo estándar para datos de secuenciación dirigida, el Objeto Portátil de Microhaplotipos (PMO), permite el almacenamiento y intercambio eficientes de datos de microhaplotipos. Esto promueve la interoperabilidad de datos y acelera el desarrollo de herramientas de análisis para la investigación y la salud pública.

Palabras clave:

microhaplotype data standard targeted sequencing bioinformatics data sharing genomics data interoperability

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Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

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Área de la Ciencia:

Genómica
Bioinformática
Ciencia de Datos

Sus antecedentes:

El creciente volumen de datos de secuenciación dirigida requiere formatos estandarizados para una gestión eficaz de los datos.
Las soluciones actuales de almacenamiento de datos son dispares, lo que dificulta el intercambio de datos, la reutilización y el desarrollo de herramientas de análisis interoperables.

Objetivo del estudio:

Introducir un formato estandarizado, eficiente y sin pérdidas para el almacenamiento de datos de secuenciación dirigida empalmados (microhaplotipos).
Facilitar el intercambio de datos, la reutilización y el desarrollo de herramientas de análisis armonizadas en la investigación genómica.

Principales métodos:

Desarrollo del formato Portable Microhaplotype Object (PMO), un estándar basado en JSON para datos genéticos y metadatos.
Creación de pmotools-python, un paquete de código abierto para la manipulación de datos PMO.
Desarrollo de una aplicación web para la creación sencilla de archivos PMO a partir de datos tabulares.

Principales resultados:

El formato PMO proporciona un almacenamiento relacional eficiente de datos de microhaplotipos con metadatos completos.
Las herramientas de software asociadas y la aplicación web simplifican la creación y gestión de datos PMO.
Se demostró una amplia aplicabilidad en diversos organismos, incluidos *Plasmodium*, *Anopheles*, *Escherichia coli* y *Staphylococcus aureus*.

Conclusiones:

El formato PMO y las herramientas asociadas ofrecen una solución estandarizada para los datos de secuenciación dirigida.
La adopción de PMO agilizará el intercambio de datos, mejorará la interoperabilidad y acelerará la investigación genómica.
Los recursos del proyecto están disponibles abiertamente para promover un uso y colaboración generalizados.