Análisis computacional de los efectos de los SNP no sinónimos en la estructura y función del gen PLVAP humano

Área de la Ciencia:

• Genómica y Bioinformática
• Virología
• Biología Molecular

Sus antecedentes:

• La proteína asociada a vesículas de plasmalema (PLVAP) es crucial para la integridad de la barrera hematoencefálica (BHE) y sirve como receptor para el Virus del Nilo Occidental (JEV).
• Comprender cómo las variaciones genéticas en PLVAP afectan la neuroinvasión del JEV es vital para la prevención y el tratamiento de la enfermedad.

Objetivo del estudio:

• Analizar computacionalmente el impacto funcional de los polimorfismos de un solo nucleótido no sinónimos (nsSNP) en el gen PLVAP sobre las interacciones JEV-huésped.
• Identificar variantes específicas de PLVAP que influyen en la unión y entrada del JEV en el sistema nervioso central.

Principales métodos:

• Se recuperaron y analizaron 11,883 SNP de NCBI dbSNP, identificando 403 nsSNP únicos.
• Se realizaron análisis de estabilidad de proteínas, desorden, conservación y acoplamiento molecular para evaluar el impacto de las variantes.
• Se priorizaron cinco nsSNP críticos (R26H, I35T, E175G, V44G, I39S) según sus efectos predichos.

Principales resultados:

• Se identificaron 43 nsSNP que desestabilizan significativamente la estructura de PLVAP y 29 nsSNP deletéreos.
• Cinco variantes críticas demostraron efectos desestabilizadores pronunciados y alteraron las interacciones de unión PLVAP-JEV.
• Se predijo que las mutaciones modificarían la eficiencia de entrada del JEV y la susceptibilidad del huésped.

Conclusiones:

• Las variantes de PLVAP pueden influir en la neuroinvasión del JEV, lo que sugiere su potencial como biomarcadores para la estratificación del riesgo.
• Los hallazgos respaldan estrategias terapéuticas dirigidas a las interacciones PLVAP-JEV para el descubrimiento de fármacos antivirales.
• El enfoque computacional puede extenderse a otras interacciones flavivirus-huésped para la medicina personalizada.