Secuenciación dirigida de lectura larga con nanoporos como enfoque complementario para detectar variantes de STRC y...

Área de la Ciencia:

• Genética
• Secuenciación Genómica
• Investigación de la Pérdida de Audición

Sus antecedentes:

• El gen Estereocilina (STRC) es crucial para la pérdida de audición neurosensorial (SNHL) de leve a moderada, especialmente con deleciones.
• El pseudogén STRC altamente homólogo (STRCP1) complica la detección de variantes de nucleótido único (SNV) e indels en el gen STRC.
• Los métodos de secuenciación convencionales luchan por analizar con precisión las variantes en la región del gen STRC debido a la interferencia del pseudogén.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la secuenciación dirigida de lectura larga utilizando la plataforma nanopore MinION para detectar SNV e indels en el gen STRC.
• Evaluar la eficacia de combinar la secuenciación de lectura larga con PCR de largo alcance para mejorar la detección de variantes en regiones genómicas complejas.
• Identificar variantes patógenas nuevas asociadas con SNHL en individuos con deleciones heterocigotas de STRC.

Principales métodos:

• Se realizó secuenciación dirigida de lectura larga en 149 muestras de ADN de individuos con fenotipos de SNHL y deleciones heterocigotas de STRC.
• Se empleó enriquecimiento mediante PCR de largo alcance acoplado a secuenciación nanopore MinION.
• Se analizaron los datos de secuenciación para SNV e indels pequeños dentro de la región del gen STRC, teniendo en cuenta la interferencia del pseudogén.

Principales resultados:

• La secuenciación arrojó una mediana de 4.088 lecturas con una profundidad mediana de 2.780 y una longitud de lectura promedio de 20,76 kbp.
• Se identificaron 43 individuos con SNV o indels pequeños, incluidas 13 variantes reportadas previamente y 14 variantes nuevas.
• Se demostró una detección precisa de variantes en el complejo locus STRC, superando la interferencia del pseudogén.

Conclusiones:

• La secuenciación dirigida de lectura larga es una herramienta valiosa para detectar con precisión variantes patógenas en regiones genómicas complejas como STRC.
• Este enfoque complementa la secuenciación de próxima generación (NGS) de lectura corta para resolver casos difíciles de SNHL no resuelta.
• La combinación de secuenciación de lectura larga y PCR de largo alcance mejora significativamente la resolución y precisión de la detección de SNV en el gen STRC.