Creación de bibliotecas de metabolomas informadas taxonómicamente para cualquier especie utilizando el paquete R...

Área de la Ciencia:

• Metabolómica
• Bioinformática
• Quimiinformática

Sus antecedentes:

• La anotación de metabolómica es un desafío debido a la vasta diversidad estructural de las moléculas pequeñas.
• PubChem es una gran base de datos de estructuras químicas con amplia metadatos biológicos.
• Muchas estructuras de PubChem no son relevantes para los experimentos típicos de metabolómica.

Objetivo del estudio:

• Introducir el paquete R, pubchem.bio, diseñado para abordar los desafíos en la metabolómica.
• Permitir a los usuarios descargar un subconjunto de PubChem centrado en la metabolómica.
• Facilitar la creación de bibliotecas de estructuras de metabolitos personalizadas para especies específicas.

Principales métodos:

• El paquete R pubchem.bio permite descargar un subconjunto de PubChem centrado en la metabolómica.
• Permite la construcción de bibliotecas de metabolómica estructuradas y bibliotecas personalizadas específicas de especies.
• Se utiliza un enfoque de quimiotaxonomía del ancestro común más bajo, que vincula los CID de PubChem con la Taxonomía del NCBI.

Principales resultados:

• Los usuarios pueden crear bibliotecas de metabolitos a medida para cualquier especie o grupo de especies.
• El paquete facilita la definición de un metaboloma biológico central.
• Permite la extrapolación de rangos taxonómicos más allá de las especies reportadas.

Conclusiones:

• El paquete pubchem.bio simplifica la anotación de metabolitos en la investigación de metabolómica.
• Integra metadatos biológicos en el flujo de trabajo de anotación.
• El paquete mejora la descubribilidad y utilidad de los datos de PubChem para la metabolómica.