Benchmarking de enfoques de secuenciación dúplex para revelar paisajes de mutaciones somáticas

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Biología Molecular
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• La detección de mutaciones somáticas en tejidos normales es difícil debido a errores de secuenciación y bajas fracciones alélicas de variantes.
• La secuenciación dúplex minimiza los errores y detecta variantes en cualquier fracción alélica, pero se necesitan comparaciones entre plataformas.

Objetivo del estudio:

• Evaluar de manera integral seis tecnologías de secuenciación dúplex utilizadas por la Red SMaHT.
• Evaluar su rendimiento en diferentes tipos de muestras y evaluar su utilidad para la detección de mutaciones somáticas.

Principales métodos:

• Benchmarking de seis tecnologías de secuenciación dúplex (CODEC, CompDuplex-seq, HiDEF-seq, NanoSeq, ppmSeq, VISTA-seq).
• Evaluación del rendimiento utilizando ADN de sangre de cordón, mezclas de líneas celulares de tumor-normal y homogeneizados de tejido humano.
• Integración con secuenciación genómica completa ultraprofunda.

Principales resultados:

• Cada método exhibió huellas genómicas, sensibilidades y costos distintos.
• A pesar de las variaciones en la preparación de la biblioteca y las plataformas de secuenciación, las tasas de mutación y las firmas mutacionales fueron altamente concordantes entre los métodos.
• Los enfoques dúplex demostraron una detección sensible de mutaciones y firmas más allá de las variantes embrionarias o clonales.

Conclusiones:

• El estudio proporciona una base para la selección de métodos de secuenciación dúplex apropiados y la interpretación de sus datos.
• Los resultados permiten análisis escalables de moléculas únicas de paisajes de mutaciones somáticas.
• La alta concordancia sugiere la fiabilidad de la secuenciación dúplex para la detección de mutaciones somáticas.