PlantscRNAdb 4.0: Identificación y anotación mejoradas de marcadores celulares bajo una uniformidad de tipos...

Sus antecedentes:

• La secuenciación de ARN de célula única (scRNA-seq) ofrece información de alta resolución sobre la heterogeneidad celular y la expresión génica en plantas.
• Las bases de datos existentes pueden carecer de ontologías de tipos celulares y anotaciones de genes marcadores integrales en diversas especies de plantas.

Objetivo del estudio:

• Presentar la versión 4.0 de PlantscRNAdb, una base de datos actualizada que presenta una nueva ontología de tipos celulares de plantas (POCT).
• Identificar genes marcadores de alta confianza y realizar análisis funcionales específicos de tipos celulares.
• Introducir herramientas computacionales novedosas para la identificación de genes marcadores y la anotación de tipos celulares.

Principales métodos:

• Desarrollo y aplicación de HCMarker, una herramienta computacional para identificar genes marcadores utilizando un sistema de puntuación multimetría.
• Integración de 107 conjuntos de datos de scRNA-seq que cubren 33 especies de plantas.
• Desarrollo de PCmaster_anno, una herramienta de aprendizaje profundo para la anotación automatizada de tipos celulares de plantas.

Principales resultados:

• Identificación de 58,846 genes marcadores de alta confianza, con 31,818 asignados a tipos celulares POCT.
• Análisis de vías funcionales específicas de tipos celulares que revelan roles biológicos clave y redes regulatorias.
• La versión 4.0 incluye 25 especies nuevas y 52 conjuntos de datos nuevos en comparación con versiones anteriores.

Conclusiones:

• PlantscRNAdb Release 4.0 proporciona un marco estandarizado y preciso para interpretar los tipos celulares de plantas y sus marcadores.
• La base de datos y las herramientas asociadas (HCMarker, PCmaster_anno) avanzan la investigación en genómica unicelular de plantas.
• Este recurso facilita una comprensión más profunda de la diversidad y la función celular en las plantas.