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Updated: Jan 7, 2026

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Published on: March 8, 2012

Sesgo en el uso de codones de los tipos 6 y 11 de virus del papiloma humano de bajo riesgo

Jiani Yang^1,2, Liangeng Liu^1,2, Shunyou Jing³

¹Department of Laboratory Medicine, Yancheng TCM Hospital Affiliated to Nanjing University of Chinese Medicine, Yancheng, China.

Antonie van Leeuwenhoek

|December 27, 2025

Resumen

Los virus del papiloma humano (VPH) de bajo riesgo VPH-6 y VPH-11 muestran patrones distintos de uso de codones, favoreciendo los codones que terminan en A/U. La selección natural, no la mutación, impulsa estos patrones, influyendo en la persistencia viral.

Área de la Ciencia:

Virología; Evolución Molecular; Bioinformática

Sus antecedentes:

Los virus del papiloma humano (VPH) de bajo riesgo, específicamente el VPH-6 y el VPH-11, causan importantes cargas de enfermedades benignas a nivel mundial.
A pesar de la similitud genómica con los tipos de VPH de alto riesgo, sus patrones de uso de codones no se han caracterizado en gran medida.

Objetivo del estudio:

Decodificar sistemáticamente los patrones de uso de codones sinónimos en el VPH-6 y el VPH-11.
Investigar las fuerzas evolutivas que dan forma a estos patrones y sus implicaciones para la adaptación al huésped y la persistencia viral.

Principales métodos:

Análisis de 214 genomas de VPH-6 y 100 genomas de VPH-11 de la base de datos GenBank del NCBI.
Análisis genómico de las preferencias de codones, el contenido de GC en las terceras posiciones del codón y la abundancia relativa de dinucleótidos.
Análisis multimetodológico que incluye la Regla de Paridad 2, el gráfico ENC y el gráfico de neutralidad para determinar las fuerzas evolutivas.
Cálculo del Número Efectivo de Codones (ENC) y el Índice de Desoptimizacion Relativa de Codones (RCDI).

Principales resultados:

El VPH-6 y el VPH-11 exhiben una fuerte preferencia por codones sinónimos que terminan en A/U (>85%) y un bajo contenido de GC (<35%) en las terceras posiciones del codón.
Se observó una subrepresentación de los dinucleótidos ApA, CpG, UpC y una sobrerrepresentación de CpA, UpG, lo que dio forma a la selección de codones.
Se identificó la selección natural como la fuerza evolutiva dominante sobre la presión mutacional, con un sesgo general de codones limitado (ENC >49).
Se indicó una adaptación moderada al huésped mediante valores de RCDI cercanos a 2, con una desalineación estratégica entre las preferencias de codones virales y la abundancia de ARNt humano.

Conclusiones:

El uso de codones sinónimos en el VPH-6 y el VPH-11 está moldeado por la selección natural, favoreciendo los codones que terminan en A/U y composiciones de dinucleótidos específicas.
Los patrones de uso de codones observados sugieren una adaptación moderada al huésped humano, lo que podría equilibrar la eficiencia de la traducción con la evasión inmunitaria y la persistencia.
Los hallazgos ofrecen información sobre la evolución molecular de los VPH de bajo riesgo e informan el desarrollo de estrategias terapéuticas optimizadas para codones, incluidas vacunas para verrugas genitales y papilomatosis respiratoria recurrente.

Palabras clave:

sesgo de uso de codones VPH-11 VPH-6 adaptación al huésped selección natural

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