Protocolo para el análisis integrador de interacciones factor de transcripción-nucleosoma mediante SeEN-seq y...

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular
• Genética
• Epigenética

Sus antecedentes:

• Los factores de transcripción pioneros (TF) son cruciales para iniciar cambios en la expresión génica durante procesos celulares como la diferenciación y la reprogramación.
• Estos TF pueden acceder a motivos de ADN incluso cuando están empaquetados dentro de los nucleosomas.

Objetivo del estudio:

• Presentar un protocolo novedoso, la secuenciación de participación seleccionada en nucleosomas (SeEN-seq), para identificar sistemáticamente sitios potenciales de unión de factores de transcripción en nucleosomas.
• Permitir el análisis estructural de complejos de TF pioneros-nucleosomas.

Principales métodos:

• El protocolo implica el ensamblaje de bibliotecas de nucleosomas.
• Ejecución del ensayo SeEN-seq.
• Preparación de muestras para microscopía crio-electrónica (cryo-EM) mediante análisis de partículas únicas.

Principales resultados:

• El protocolo SeEN-seq facilita la identificación de sitios de unión de TF en nucleosomas.
• Permite la preparación de complejos homogéneos de TF pioneros-nucleosomas adecuados para la determinación estructural.

Conclusiones:

• SeEN-seq es un método valioso para estudiar las interacciones de TF pioneros con nucleosomas.
• Este protocolo ayuda a comprender la base estructural de la regulación génica mediada por TF dentro de la cromatina.