Cell2Read: un flujo de trabajo automatizado para generar bibliotecas de ADN listas para secuenciación a partir de...

Área de la Ciencia:

• Genómica; Biología Molecular; Biotecnología

Sus antecedentes:

• La secuenciación de próxima generación (NGS) requiere una preparación de muestras eficiente, especialmente a partir de entradas celulares limitadas.
• Los métodos actuales pueden requerir mucha mano de obra y tener dificultades con números bajos de células o tipos de muestras diversos.
• Se necesitan soluciones automatizadas para mejorar la reproducibilidad y la accesibilidad en el análisis genómico.

Objetivo del estudio:

• Presentar y validar Cell2Read, un flujo de trabajo automatizado novedoso para la lisis celular integrada y la preparación de muestras para NGS.
• Evaluar el rendimiento de Cell2Read con entradas celulares bajas y diversos tipos de células.
• Evaluar la idoneidad del método para analizar poblaciones celulares heterogéneas, incluidas las relevantes para la oncología.

Principales métodos:

• Desarrollo de una plataforma automatizada que integra la lisis celular, la extracción de ADN y la preparación de bibliotecas.
• Optimización de la cinética de difusión y las geometrías térmicas para el procesamiento de células de baja entrada.
• Pruebas en múltiples líneas celulares humanas (HepG2, Caov3, HEY A8, OVCAR 8, MDA-MB-231) y células primarias.
• Evaluación de la integridad de la secuenciación, el rendimiento del ADN, las puntuaciones de calidad, el sesgo de GC y las tasas de alineación.
• Evaluación del rendimiento con suspensiones celulares heterogéneas, incluidas células cancerosas "spiked".

Principales resultados:

• Cell2Read procesó con éxito suspensiones celulares de tan solo 1500 células sin comprometer la integridad de la secuenciación.
• Se logró un rendimiento de ADN constante (≥10 ng) y una alta calidad de secuenciación (tasas de alineación >95% para ≥3125 células).
• El método demostró reproducibilidad en diversos tipos de células y un rendimiento comparable a los protocolos manuales.
• Se logró una secuenciación no sesgada de suspensiones celulares heterogéneas, con una representación del ADN proporcional a la concentración de células cancerosas.
• El sistema produjo datos genómicos de alta calidad a partir de muestras de baja entrada, adecuados para el diagnóstico clínico y la investigación.

Conclusiones:

• Cell2Read proporciona una solución técnica validada, escalable y automatizada para la preparación de muestras NGS.
• El flujo de trabajo amplía significativamente la accesibilidad al análisis genómico a partir de muestras humanas de baja entrada.
• Su robustez y reproducibilidad lo hacen ideal para la investigación oncológica y el diagnóstico clínico.
• Cell2Read garantiza datos de secuenciación de alta calidad y sin sesgos, lo que respalda un perfil genómico preciso.