Proteómica utilizando genomas borradores: un estudio de caso en la hiena manchada

Área de la Ciencia:

• Genómica y Proteómica
• Biología Molecular Comparativa
• Biología Evolutiva de Mamíferos

Sus antecedentes:

• La hiena manchada (Crocuta crocuta) exhibe comportamientos de caza únicos, alternando entre la vida social en clanes y la caza solitaria.
• La limitada información genómica anteriormente obstaculizó los estudios de biología molecular de C. crocuta.
• Los avances recientes incluyen tres genomas borradores (2020-Yang, 2022-Shao, 2023-DNA Zoo) y datos generados de RNA-Seq y proteómica.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la efectividad de diferentes ensamblajes del genoma borrador de Crocuta crocuta para la identificación proteómica.
• Comparar las capacidades de identificación proteómica de las bases de datos de C. crocuta contra especies homólogas.
• Identificar proteínas diferenciales dentro de los ganglios linfáticos de C. crocuta.

Principales métodos:

• Evaluación de tres genomas borradores (2020-Yang, 2022-Shao, 2023-DNA Zoo) y un ensamblaje de novo de Trinity (2017-SUN) utilizando datos de RNA-Seq.
• Completitud de la anotación evaluada por BUSCO; alineación de lecturas de RNA-Seq por Salmon.
• Comparación de bases de datos de secuencias de proteínas utilizando Proteinortho y FragPipe para el análisis de datos LC-MS/MS contra bases de datos de C. crocuta, Felis catus, Canis lupus familiaris y Mus musculus.

Principales resultados:

• El ensamblaje 2022-Shao identificó un 15,6% más de espectros que el proteoma de referencia 2020-Yang.
• La base de datos de proteínas de Felis catus (gato doméstico) mostró una alta ortología, identificando el 80,5% de los espectros del 2020-Yang, lo que refleja una ascendencia compartida dentro de Feliformia.
• Se perdieron más de 1000 secuencias de proteínas al usar la base de datos 2020-Yang en comparación con otras.
• El análisis de FragPipe del ensamblaje 2022-Shao reveló una ortología significativa con los proteomas de órganos de F. catus.

Conclusiones:

• El ensamblaje del genoma borrador 2022-Shao es un recurso más efectivo para estudios proteómicos de C. crocuta que el ensamblaje 2020-Yang.
• El análisis proteómico comparativo resalta una conservación evolutiva sustancial entre los proteomas de órganos de hiena manchada y gato doméstico.
• Este estudio proporciona datos proteómicos fundamentales para C. crocuta, incluida información sobre la expresión diferencial de proteínas en varias regiones de los ganglios linfáticos.