PRISM-Seq: Un enfoque de secuenciación ultrase-nsible para mapear sitios de integración lentiviral

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular
• Genómica
• Virología

Sus antecedentes:

• La integración retroviral en los genomas del huésped es crucial para la persistencia del VIH-1 y las aplicaciones de vectores lentivirales en terapias génicas y celulares.
• Los ensayos actuales de sitios de integración enfrentan limitaciones en sensibilidad, necesidades de entrada y complejidad analítica, careciendo de validación de molécula única.
• El mapeo preciso de los sitios de integración retroviral es esencial para evaluar la seguridad de la terapia génica y comprender la dinámica viral.

Objetivo del estudio:

• Presentar PRISM-seq, un flujo de trabajo ultrase-nsible para la recuperación genómica de uniones lentivirus-huésped.
• Desarrollar BulkIntSiteR, un pipeline automatizado para la anotación del sitio de integración.
• Validar el rendimiento de PRISM-seq en diversas regiones genómicas y con resolución de molécula única.

Principales métodos:

• Flujo de trabajo PRISM-seq para la recuperación genómica de uniones lentivirus-huésped.
• Pipeline de código abierto BulkIntSiteR para la anotación automatizada del sitio de integración.
• Caracterización sistemática del ruido asociado al ensayo y la amplificación.
• Desarrollo de un marco de control de calidad de cinco pasos para eliminar artefactos de PCR y secuenciación.

Principales resultados:

• PRISM-seq identifica con precisión las inserciones provirales en diversos contextos genómicos, incluidas las regiones de eucromatina, heterocromatina y centroméricas.
• Se detectaron eventos de integración de alta confianza hasta una sola molécula de plantilla de entrada.
• El flujo de trabajo PRISM-seq, junto con BulkIntSiteR, demostró un rendimiento comparable o superior a los ensayos de alto rendimiento a un costo sustancialmente reducido.
• Un marco robusto de control de calidad eliminó eficazmente los artefactos de PCR y secuenciación.

Conclusiones:

• PRISM-seq ofrece un método ultrase-nsible y preciso para mapear sitios de integración retroviral en todo el genoma.
• El flujo de trabajo permite el análisis de alta resolución de eventos de integración, crucial para el desarrollo de terapias génicas y celulares y la investigación del VIH-1.
• PRISM-seq facilita el seguimiento clonal cuantitativo y proporciona una alternativa rentable a los ensayos existentes.