Colony: un marco para canalizaciones de análisis de datos reproducibles y fáciles de usar para la investigación...

Área de la Ciencia:

• Bioinformática
• Biología Computacional
• Genómica

Sus antecedentes:

• El análisis bioinformático reproducible requiere la adhesión a los principios de datos FAIR (Localizables, Accesibles, Interoperables, Reutilizables).
• Los contenedores de software (por ejemplo, Singularity) promueven la reutilización de software en diversos entornos informáticos, pero presentan una curva de aprendizaje pronunciada para los no programadores.
• Muchos biólogos carecen de conocimientos de línea de comandos, lo que dificulta su capacidad para utilizar herramientas contenerizadas potentes de manera eficaz.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una interfaz gráfica de usuario (GUI) intuitiva para interactuar con software de bioinformática contenerizado.
• Reducir la barrera de entrada para los biólogos que utilizan herramientas basadas en línea de comandos.
• Mejorar la adopción de los principios FAIR en la investigación bioinformática a través de una mayor accesibilidad.

Principales métodos:

• Desarrollo de una interfaz gráfica de usuario (GUI) novedosa diseñada para una interacción intuitiva con aplicaciones contenerizadas.
• Integración de la GUI con software de bioinformática de uso común, evaluando específicamente su viabilidad con herramientas empleadas en la red de investigación TRR156.
• Pruebas de usuario y evaluación de viabilidad con biólogos que carecen de experiencia en programación extensiva.

Principales resultados:

• La GUI desarrollada permite a los biólogos sin experiencia previa en programación utilizar eficazmente el software de bioinformática contenerizado.
• Se demostró la viabilidad y usabilidad de la GUI con software específico relevante para el contexto de investigación de TRR156.
• Comentarios positivos sobre la facilidad de uso y el aumento de la productividad en comparación con las interfaces de línea de comandos tradicionales.

Conclusiones:

• La GUI mejora significativamente la accesibilidad y usabilidad de las herramientas de bioinformática contenerizadas para investigadores sin experiencia en codificación.
• Este enfoque facilita la implementación de los principios de datos FAIR al hacer que el software complejo sea más accesible.
• La herramienta tiene el potencial de acelerar la investigación bioinformática al capacitar a una gama más amplia de científicos para aprovechar métodos computacionales avanzados.