Desarrollo de ensayos de proteómica dirigida altamente multiplexados en biofluidos utilizando un espectrómetro de...

Área de la Ciencia:

• Bioquímica y Proteómica
• Ingeniería Biomédica
• Diagnóstico Clínico

Sus antecedentes:

• Los ensayos de proteínas dirigidos son vitales para los estudios clínicos, pero luchan con la escalabilidad.
• Los métodos actuales limitan el número de proteínas que se pueden monitorear simultáneamente.
• Para cerrar la brecha entre el descubrimiento y la aplicación clínica se requiere el desarrollo de ensayos escalables.

Objetivo del estudio:

• Demostrar la generación de ensayos de proteínas dirigidos a gran escala utilizando un novedoso instrumento híbrido de masa nominal.
• Mostrar la capacidad del espectrómetro de masas Stellar para la cuantificación de proteínas de alto rendimiento.
• Validar el flujo de trabajo en aplicaciones clínicas, incluido el análisis de enfermedades neurodegenerativas y vesículas extracelulares.

Principales métodos:

• Se utilizó un novedoso instrumento híbrido de masa nominal (espectrómetro de masas Stellar) para la generación de ensayos.
• Se empleó la adquisición independiente de datos (DIA) con fraccionamiento en fase gaseosa (GPF) para la construcción de ensayos.
• Se implementó la alineación en tiempo real para gestionar los tiempos de retención cambiantes para la escalabilidad.
• Se comparó la cuantificación utilizando Orbitrap DIA y la monitorización de reacciones paralelas (PRM) de trampa de iones lineal.

Principales resultados:

• Se generaron con éxito ensayos de proteínas dirigidos a gran escala con alta sensibilidad y velocidad.
• Se demostró la capacidad de programar métodos de diversas bibliotecas DIA de GPF (Orbitrap y trampa de iones lineal).
• Se aplicó el flujo de trabajo al líquido cefalorraquídeo (LCR) para proteínas asociadas con la enfermedad de Alzheimer y a vesículas extracelulares (VE) en plasma, observando diferencias específicas de la enfermedad.

Conclusiones:

• El espectrómetro de masas Stellar permite ensayos de proteínas dirigidos escalables, sensibles y rápidos para la investigación clínica.
• El flujo de trabajo desarrollado monitorea eficazmente las proteínas asociadas con la enfermedad en LCR y VE.
• Esta tecnología facilita la transición del descubrimiento de biomarcadores de proteínas a estudios clínicos a gran escala.