Omics BioAnalytics: una aplicación RShiny para el descubrimiento y la evaluación de paneles de biomarcadores...

Área de la Ciencia:

• Informática biomédica
• Biología computacional
• Ciencia de datos en la atención médica

Sus antecedentes:

• Los datos moleculares de alta dimensión de tecnologías ómicas (transcriptómica, proteómica, metabolómica) ofrecen profundas ideas biológicas.
• La integración de múltiples modalidades de datos, como la histología-ómica y la holter-ómica, puede mejorar significativamente el rendimiento del modelo predictivo.
• Existe la necesidad de plataformas reproducibles y fáciles de usar para el análisis de datos ómicos multimodales.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar Omics BioAnalytics, una plataforma R Shiny para el análisis, integración e interpretación unificados de diversos conjuntos de datos ómicos.
• Proporcionar análisis multimodales simplificados, reproducibles y fáciles de usar para investigadores biomédicos.
• Apoyar el descubrimiento de firmas moleculares, biomarcadores predictivos y dianas terapéuticas.

Principales métodos:

• Integración tardía utilizando conjuntos de modelos de red elástica entrenados de forma independiente en cada modalidad.
• Las predicciones se promedian en todos los conjuntos de datos para un análisis robusto.
• La plataforma utiliza paneles interactivos para la exploración, el análisis de expresión diferencial, el análisis de conjuntos de genes y el descubrimiento de biomarcadores.

Principales resultados:

• Omics BioAnalytics permite el análisis e interpretación unificados de datos ómicos multimodales.
• Los paneles interactivos facilitan la exploración, el análisis de expresión diferencial, el análisis de conjuntos de genes y el descubrimiento de biomarcadores.
• La consulta integrada basada en voz a través de una habilidad de Alexa permite una visualización rápida y accesibilidad.

Conclusiones:

• Omics BioAnalytics proporciona análisis multimodales accesibles y reproducibles para investigadores biomédicos.
• La plataforma apoya el descubrimiento de firmas moleculares y biomarcadores predictivos.
• Las herramientas habilitadas para web y voz mejoran la utilidad de la integración de datos ómicos para el descubrimiento biológico.