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Updated: Jan 13, 2026
07:33
Nanopore DNA Sequencing for Metagenomic Soil Analysis
Published on: December 14, 2017
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SquiDBase: un recurso comunitario de datos brutos de nanoporos de microbios
Wim L Cuypers1, Halil Ceylan1, Eline Turcksin1
1Adrem Data Lab, Department of Computer Science, University of Antwerp, 2000 Antwerp, Belgium.
NAR genomics and bioinformatics
|January 12, 2026
Resumen
SquiDBase es un nuevo repositorio de datos brutos de secuenciación de nanoporos, que aborda las limitaciones de almacenamiento y uso compartido. Incluye datos procesados y metadatos, promoviendo la ciencia abierta y el desarrollo de herramientas computacionales en genómica microbiana.
Área de la Ciencia:
- Genómica; Bioinformática; Microbiología
Sus antecedentes:
- Las secuencias de nucleótidos se comparten en formatos FASTQ/BAM pero se originan a partir de datos brutos diversos y específicos de la plataforma.; Los datos de señal brutos de Oxford Nanopore Technologies (ONT) contienen información biológica para la optimización del basecaller y la detección de modificaciones.; El intercambio de datos brutos de nanoporos se ve obstaculizado por problemas técnicos y la falta de infraestructura estandarizada.
Objetivo del estudio:
- Establecer un repositorio centralizado para datos brutos de secuenciación de nanoporos microbianos.; Superar las limitaciones en el almacenamiento y el intercambio de valiosos datos brutos de secuenciación de nanoporos.; Apoyar el desarrollo de herramientas computacionales y mejorar las prácticas de ciencia abierta.
Principales métodos:
- Se desarrolló SquiDBase, un repositorio de datos brutos de secuenciación de nanoporos microbianos con datos procesados y metadatos vinculados.; Se creó SquiDPipe, un pipeline Nextflow para la eliminación automatizada de lecturas humanas de datos brutos de nanoporos.; Se secuenciaron 24 virus clínicamente relevantes y se integraron conjuntos de datos de referencia públicos y contribuciones de la comunidad.
Principales resultados:
- Se estableció SquiDBase, una plataforma dedicada de acceso abierto para datos brutos de secuenciación de nanoporos microbianos.; Se implementó la eliminación automatizada de lecturas humanas para datos brutos de nanoporos.; Se integraron diversos conjuntos de datos, incluidos datos virales y de referencia, en el repositorio.
Conclusiones:
- SquiDBase facilita el intercambio de datos brutos, la reproducibilidad y el desarrollo de herramientas computacionales para la secuenciación de nanoporos.; La plataforma apoya los principios de ciencia abierta dentro de la comunidad de genómica microbiana.; Aborda brechas críticas de infraestructura para la gestión y utilización de datos brutos de nanoporos.
