Consideraciones técnicas para la secuenciación de ARN en sangre en pruebas genéticas: evaluación de métodos de...

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Biología Molecular
• Diagnóstico Clínico

Sus antecedentes:

• La secuenciación de ARN en sangre (RNA-seq) es crucial para diagnosticar trastornos genéticos, pero requiere optimización técnica para uso clínico.
• Los factores técnicos clave para la secuenciación de ARN en sangre incluyen la depleción de globina, la variabilidad de lotes y el tipo de muestra (sangre total frente a células mononucleares de sangre periférica [CBMF]).

Objetivo del estudio:

• Evaluar la eliminación de globina basada en reactivos (globin-RR) frente a la eliminación de globina bioinformática (globin-BR) para la secuenciación de ARN de sangre total.
• Evaluar los efectos de lote en muestras de globin-RR y comparar la sangre total frente a las CBMF para la secuenciación de ARN.
• Determinar los métodos óptimos para la implementación clínica de la secuenciación de ARN en sangre.

Principales métodos:

• Se compararon globin-RR y globin-BR en cuanto a eficiencia y profundidad de secuenciación.
• Se analizaron los efectos de lote utilizando análisis de componentes principales y de correlación.
• Se compararon la sangre total y las CBMF en cuanto a la correlación de expresión y la detección de genes de enfermedades mendelianas.

Principales resultados:

• Globin-RR demostró una depleción de globina superior, una mejor detección de genes de enfermedades mendelianas (51,85 % frente a 40,79 %) y requirió menos lecturas (~107 millones frente a ~149 millones) en comparación con globin-BR.
• Globin-RR mostró bajos efectos de lote (correlación entre lotes, R²>0,96).
• Las CBMF produjeron una mayor detección de genes de enfermedades mendelianas (3675 frente a 3598) y genes altamente expresados (54,46 % frente a 51,85 %) en comparación con la sangre total, lo que las convierte en el tipo de muestra preferido.

Conclusiones:

• Globin-RR es un método eficaz, reproducible y práctico para la secuenciación de ARN de sangre total clínica.
• Las CBMF ofrecen alta concordancia y un rango de detección de genes más amplio, sirviendo como una alternativa viable para las pruebas de diagnóstico genético.
• Las consideraciones técnicas optimizadas mejoran la utilidad clínica de la secuenciación de ARN en sangre para el diagnóstico de trastornos genéticos.