Secuenciación completa del genoma de fitoplasma mediante secuenciación Nanopore con ADN de alto peso molecular

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Biología Molecular
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• Los genomas de fitoplasma son ricos en AT y contienen secuencias repetitivas, lo que plantea desafíos para la secuenciación tradicional.
• Las tecnologías de secuenciación de lecturas largas como Nanopore son ventajosas para resolver estructuras genómicas complejas.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una metodología robusta para extraer ADN genómico de alta calidad de plantas infectadas con fitoplasma.
• Optimizar el tamaño de los fragmentos de ADN para la secuenciación Nanopore para lograr lecturas más largas.
• Ensamblar y refinar el genoma circular de fitoplasma utilizando un enfoque de secuenciación híbrido.

Principales métodos:

• Extracción de ADN genómico de tejidos vegetales infectados.
• Selección del tamaño del ADN para eliminar moléculas de menos de 10 kb.
• Secuenciación de lecturas largas utilizando tecnología Nanopore.
• Eliminación bioinformática de ADN de la planta huésped.
• Ensamblaje y refinamiento del genoma circular utilizando lecturas cortas de Illumina.

Principales resultados:

• Extracción exitosa de ADN genómico de alta calidad adecuado para la secuenciación Nanopore.
• Generación de lecturas largas de Nanopore, mejorando la contigüidad del ensamblaje del genoma.
• Ensamblaje completo del genoma circular de fitoplasma.
• Corrección precisa de errores del genoma ensamblado utilizando datos de secuenciación de Illumina.

Conclusiones:

• La metodología presentada permite la secuenciación eficiente de lecturas largas de genomas de fitoplasma.
• Este enfoque facilita el ensamblaje de genomas desafiantes, ricos en AT y repetitivos.
• Las estrategias de secuenciación híbrida son efectivas para la reconstrucción del genoma de alta precisión.